一、微卫星标记的发展及植物研究中的应用（论文文献综述）
郭健[1]（2020）在《松嫩平原羊草叶色渐变群遗传多样性及其分化机制研究》文中认为环境选择压力在地理空间上的连续变化,导致基因频率或表型的渐变,形成一变异梯度系列的种群称为渐变群。渐变群性状既有表型的数量性状的差异,也有受基因控制的遗传分化。表型与基因型的变化是否同步,是渐变群的重要研究内容。羊草（Leymus chinensis）是欧亚大陆东部草原区常见的重要建群种和优势种之一,在天然草原经常见到明显的叶色变异。目前对羊草叶色变异的研究以典型的灰绿型和黄绿型为主,而对于中间的绿型还缺乏研究。本研究以松嫩平原地区的羊草灰绿型、黄绿型和绿型3个叶色渐变群为研究对象,通过测定天然草原羊草叶色渐变群的遗传多样性以及同质园条件下的光合生理特征、分株表型特征和种群数量特征,系统地分析其分子、生理、表型、种群四个水平上的特性差异,继而揭示羊草叶色渐变群的分化机制。本研究结果不仅丰富了植物渐变群的研究理论,还可为进一步开展羊草不同叶色的起源与进化研究提供重要参考,为羊草优质品种培育和种质资源保护提供了科学依据。本研究主要发现如下:（1）在分子水平上,天然草原羊草3个叶色渐变群的遗传多样性具有显着差异。其中,灰绿型和绿型的香农多样性指数和均匀度均显着高于黄绿型。灰绿型和黄绿型之间的基因流最低,遗传距离最大,遗传分化水平最高;绿型和黄绿型之间的基因流最高,遗传距离最小,遗传分化水平最低。在聚类分析中,灰绿型和黄绿型分为两个不同的组,而绿型多数被分到黄绿型组。3个叶色的遗传距离与实际地理距离间均没有显着相关性,但在期望杂合度上,绿型与土壤总磷含量呈显着正相关,黄绿型与土壤有机碳含量呈显着正相关。一定程度的基因流和环境因子的选择作用是羊草叶色渐变群遗传分化的重要原因。（2）在生理水平上,同质园条件下羊草3个叶色渐变群的光合生理特性具有显着差异。其中,叶片净光合速率、气孔导度、叶绿素a含量、叶绿素a+b含量、类胡萝卜素含量、含水率均以灰绿型显着高于绿型或黄绿型。在叶片净光合速率日变化的“双峰”曲线中,灰绿型峰值显着高于绿型和黄绿型,且以黄绿型最低。光饱和点和光补偿点均以绿型最高,黄绿型最低,二者之间差异显着。CO2饱和点和CO2补偿点均以黄绿型显着高于绿型和灰绿型。光系统II的最大光化学效率、叶片性能指数和光合酶活性均以灰绿型显着高于绿型和黄绿型。在生理特性的聚类分析中,3个叶色渐变群分为不同的组。在遗传分化基础上,羊草3个叶色渐变群在生理上发生了明显的同步分化。（3）在表型水平上,同质园条件下羊草3个叶色渐变群的分株表型特征具有显着差异。其中,营养株总叶面积、株高、叶生物量、茎生物量、分株生物量、茎生物量分配均以黄绿型最大,绿型最小,并且二者之间均差异显着;生殖株叶生物量、花序生物量、小穗数、小花数、叶生物量分配均以黄绿型最大,绿型最小,并且二者之间均差异显着。在聚类分析中,3个叶色型营养株没有完全按照叶色分组,生殖株则完全按照叶色分为3个不同的组。在遗传分化基础上,羊草3个叶色渐变群只在生殖株表型上发生了明显的同步分化。（4）在种群水平上,同质园条件下羊草3个叶色渐变群的数量特征既具有一定的趋异性,也具有相同动态与规律性。其中,营养繁殖速率以黄绿型大于绿型和灰绿型,但随着生长季的进程,3个叶色型的营养繁殖数量动态均极好地符合指数函数增长规律。在分株组成中,灰绿型和绿型均有4个龄级,黄绿型有5个龄级,但3个叶色型的年龄谱中均以1龄分株数量及其生物量占比最大,均呈增长型龄级结构。3个叶色型的根茎由3个龄级组成,其长度与生物量的年龄谱均以2龄根茎占比最大,呈稳定型龄级结构。芽、苗库密度均以绿型和黄绿型显着大于灰绿型,但在生长季末期,3个叶色型的芽库构成均以根茎芽占优势,苗库构成均以分蘖节苗占优势。在种群生存与发展上,羊草3个叶色渐变群采取了相同的生态策略。本研究发现了羊草3个叶色渐变群在分子、生理以及表型水平上均已产生不同程度的分化,其中,灰绿型与黄绿型之间分化水平最高,灰绿型与绿型之间分化水平较高,绿型与黄绿型之间分化水平最低。天然草原绿型羊草在遗传聚类中没有独自成组,而多被分到黄绿型组,由此证实羊草存在叶色渐变群,灰绿型与黄绿型已经形成了稳定的生态型,但中间过渡的绿型尚未形成稳定的生态型。
闫国跃[2]（2020）在《基于转录组SSR、SNP标记的苦玄参遗传多样性及有效成分关联位点分析》文中指出目的:苦玄参（Picria felterrae Lour.）为广西道地药材,也是重要的壮药,壮族称之为“棵兜”,也属“桂药”、“南药”,为广西“十三五”期间重点扶持的十大中药材之一。由于苦玄参生长环境恶化,野生资源日益匮乏,苦玄参市场供应主要来源于人工种植。人工种植品种未经选育,种质混杂,且长期的种植使品种不断退化,出现药用活性成分含量降低等质量问题,迫切需要选育出高质量的苦玄参新品种。随着生物技术和信息学的快速发展,基因组学理论和方法不断深入到种质资源研究的多个层次和方面,使人们能够客观准确地检测出种质基因组水平上的差异。本研究以不同地理来源的苦玄参居群和形态差异较显着的株系为研究材料,以苦玄参主要药用活性成分苦玄参苷的组成和含量为优质种质标准,基于转录组SSR、SNP分子标记,对收集的苦玄参种质资源进行系统的遗传多样性和群体结构分析,并挖掘苦玄参苷关联基因,其结果可为苦玄参优良种质的筛选、鉴定及品种改良等提供科学依据和技术支持。方法:（1）采集广西、云南两省野生居群种质13份,广西龙州、梧州两地栽培种质50份,在南宁扩繁后,参照《中国药典》2015版高效液相色谱法（附录VID）,按照《高效液相色谱法检验标准操作程序》测定所有样品的主要药用活性物质苦玄参苷IA和IB含量,比较分析不同地理来源及不同株系的苦玄参样本其苦玄参苷IA和IB含量的差异,初步筛选高苦玄参苷含量的优势居群和优良种质。（2）采用转录组高通测序技术经过RNA样品检测、文库构建及文库质控等程序,完成来源于广西、云南两地63份苦玄参鲜叶平行样本转录组测序,经拼接组装后,获取苦玄参转录组遗传数据;使用BLAST软件将Unigene序列与 NR、SwissProt、GO、COG、KOG、Pfam、KEGG 数据库比对,获得 Unigene的注释信息,经过数据库比对及利用Getorf软件进行编码蛋白框（CDS）的核苷酸和氨基酸序列分析预测。（3）获得苦玄参转录组遗传信息数据后,利用针对转录组测序的比对软件STAR与参考基因组序列进行比对,并通过GATK挖掘苦玄参单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism,SNP）位点;基于 SNP 分子标记,通过进化分析、群体结构分析、主元成分分析及亲缘关系分析对13个居群样本及50个栽培单株样本进行遗传结构分析,分析样本间遗传进化关系;并以苦玄参有效成分含量为目标性状,基于转录组SNP及GEM进行关联分析,筛选苦玄参有效成分关联位点,通过与已知数据库比对预测候选基因功能。（4）基于苦玄参鲜叶转录组序列,利用鉴定简单重复序列软件MISA挖掘苦玄参微卫星（Simple Sequence Repea,SSR）分子标记,基于SSR标记两端保守序列开发苦玄参EST-SSR引物,随机选择4份材料对引物进行多态性检验,并利用选择出的20对多态性引物对供试样本进行PCR扩增,根据扩增结果分析18个群体及69个单株的遗传结构,并利用SPSS软件的一元线性回归分析方法（GLM）及多元逐步回归分析方法,筛选与苦玄参苷含量相关联的SSR分子标记。结果:（1）苦玄参苷IA含量在广西、云南两省13个野生群体间存在显着差异（p<0.05）;苦玄参苷IB和总苷含量水平在两省间存在极显着性差异（p<0.01）;综合整体,云南居群苦玄参优于广西,其中优势居群为云南景洪市曼沙区,其次为云南澜沧县勐朗镇。50份栽培品种单株样本苦玄参苷含量差异比较,苦玄参苷IA和总苷含量水平在广西和梧州两地间差异不显着（p>0.05）;苦玄参苷IB含量水平龙州显着高于梧州（p<0.05）,根据总苷含量,梧州、龙州两地种质水平相当。各株系间含量存在显着差异,其中编号为HZP04、ZGB0、WZHZP21、ZGB08、WZHJX03的单株整体水平较优。（2）63份苦玄参平行样品进行转录组测序并经过测序质量控制后,共得到323.55Gb Clean Data,Q30碱基比例超过86.28%。利用测序数据进行拼接组装后,初步建立苦玄参转录组数据库,共得到519,730条Transcript和203,606条 Unigene,Transcript 与 Unigene 的 N50 分别为 3,365 和 751。通过苦玄参Unigene 序列与 NR、Swissprot、GO、COG、KOG、Pfam、KEGG 等七大数据库比对,203606条转录本中131183条Unigene被注释,注释比例达到64.42%。将Unigene与已知蛋白数据库进行比对后,得到与已知蛋白基因序列相同或相似Unigene,共获得153100个CDS核苷酸序列和CDS氨基酸序列。对未知与已知蛋白库比对上的Unigene,利用Getorf软件平台,有65536个CDS核酸序列和65536个CDS氨基酸序列被预测。（3）63个苦玄参平行样本SNP分子标记跨度在57355～107932个之间,其中野生种质样本T01～T13中SNP数量在61430-81517个之间,栽培单株T14～T63中SNP数量57355～107932个,栽培种数量跨度大于野生种。纯合型SNP数量变化范围为41852～74564个,杂合型SNP数目变化在4094～47084个之间,纯合型数量大于杂合型。遗传结构分析中,13个居群可分为2个亚群,云南的8个居群被归为同一亚群,2个云南居群与广西3个居群归为另一亚群。50个栽培单株样本可分为两群,梧州有4个单株被归为一个亚群,其余归为另一亚群。利用转录组关联技术对SNP及GEM与苦玄参苷目标性状进行关联分析,基于SNP分析,在阈值p<1.00E-06时,苦玄参苷IA关联位点有5个,苦玄参苷IB关联位点4个;基于GEM分析,阈值p<1.00E-06 下,苦玄参苷IA关联位点184个,苦玄参苷IB相关关联的位点2421个,与两种成分同时关联的位点45个;SNP和GEM联合关联分析在阈值p<1.00E-03,筛选苦玄参苷IA关联位点5个,苦玄参苷IB关联位点6个,位点功能基因主要涉及信号转录、甲基化、基因修饰等功能作用。（4）通过对总碱基数为47,941,629bp Unigene序列评估,挖掘13768个苦玄参SSR分子标记,鉴定出6种不同SSR类型,基于两端序列开发相关引物,对随机抽取的100对引物进行多态性分析,获得多态性引物48对。随机抽取20对多态性的引物对18个种群样本进行扩增,扩增出等位基因71个,平均每对引物3.55个。引物间P变化范围为0～40.7%;PIC范围0～0.7941;I范围 0～1.8143。ObsHet 范围 0～0.4423;ExpHe 范围 0～0.8269。Fis 值为0.0953～0.6639;亚群间Fit值范围0.0626～0.8587;遗传分化系数Fst范围0～0.6866。基因流（Nm）范围0.1144～0.7594。各种群Nei范围0～0.4016;I范围0～0.6209,群体相似系数0.3814～0.9686,遗传距离0.0319～0.9638。18个种群在遗传距离0.3213处分成4个亚群,云南样本可分为3亚群,广西3个种群归入同一亚群。69个单株利用20对SSR多态性引物共扩增出76个等位基因,平均每个位点观测等位基因3.8个。等位基因多态率范围为0～59%。各位点多态信息含量（PIC）范围0～0.6211;Shannon多态性信息指数变化范围0～1.2401;Nei’s基因多样性指数（Nei）范围0～0.6823。各位点平均观测杂合度为0.3824;平均遗传分化系数Fst 0.3659;基因流Nm平均值0.4332。样本间相似系数范围0.5856～0.9506,遗传距离范围0.0506～0.5325,在遗传距离0.24处,69单株样本分成13个亚群。通过一元线性回归和多元逐步回归分析,各有5个位点与苦玄参苷IA、IB相关联,其中,同时与两种成分关联的位点仅1个。结论:根据国家药典对苦玄参质量评价标准,云南和广西13个野生种群样本中,云南野生种质明显优于广西,具有更大的筛选优良苦玄参种质资源的潜力。广西主产区苦玄参栽培品种质量良莠不齐,广西梧州的栽培品种中可能出现品种退化现象。利用转录组测序技术,初步建立苦玄参转录组公共数据库,填补了苦玄参遗传信息的空白。利用转录组数据开发苦玄参SSR、SNP分子标记,从不同层次分析苦玄参遗传进化关系,不同产地间均出现不同程度分化,广西、云南两地野生种质间分化明显,分析结果与供试苦玄参种质地理分布差异基本吻合,但也存在区域间遗传交叉现象,该结果为研究苦玄参药材优势居群提供依据;广西栽培品种间整体遗传分化水平较低,但存在个别单株分化明显的现象,可为筛选优良株系提供资源。以苦玄参有效成分含量为目标性状,采用不同分子标记及关联策略,筛选出大量与苦玄参苷关联的分子标记位点,关联位点基因功能主要涉及信号转录、甲基化、基因修饰等功能作用,结果将为苦玄参优良种质选育提供最直接的遗传信息,加快苦玄参优良种质选育。
张吉[3]（2019）在《萼花臂尾轮虫野外群体遗传多样性的研究》文中进行了进一步梳理周期性孤雌生殖的萼花臂尾轮虫（Brachionus calyciflorus）是淡水生态系统中浮游动物的重要种类,并且是群体遗传结构研究中常见的模式生物。生活史包括孤雌生殖和有性生殖两个阶段,种群刚建立是水体沉积物中大量休眠卵孵化出非混交雌体进行孤雌生殖快速扩增种群,如果水体环境因子（如温度过高或氧含量过低等）不适时种群开始进行有性生殖产生休眠卵沉入水体沉积物中,保证种群的延续。研究表明,萼花臂尾轮虫群体是由隐蔽种复合体组成而且一般认为在野外水体中,在周期性孤雌生殖轮虫种群刚开始建立时有很高的基因型多样性,但在孤雌生殖阶段会受到克隆选择的影响,种群基因型多样性随着季节更迭逐渐降低。因为周期性孤雌生殖轮虫生活史的特点,野外种群和实验室种群都不可避免的存在近交衰退现象,而种群的近交回避策略又是这种独特交配系统的进化动力。然而,国际上对周期性孤雌生殖生物的基因型多样性和近交衰退现象的关注较少,国内也几乎没有开展过相关工作。本研究在国内外相关研究的基础上,以大连儿童公园明泽湖中萼花臂尾轮虫为研究对象,基于ITS（internal transcribed spacer,内部转录间隔区）和微卫星分子标记技术,探讨以下几个问题（1）小型人工水体是否存在隐蔽种复合体（2）在野外水体中萼花臂尾轮虫是否会经历克隆选择效应以及存在近交衰退现象（3）萼花臂尾轮虫微卫星位点突变率的高低。主要研究结果如下:1.本次研究以明泽湖中萼花臂尾轮虫实验种群为基础,通过转录组测序共获得1141个潜在的多态性微卫星位点,以萼花臂尾轮虫实验种群为对象,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳,分析了其中150个微卫星位点的多态性水平,共获得单态性位点22个;两种多态性位点17个;三种多态性位点7个;四种多态性位点5个;五种多态性位点3个;同时结合已经公布的具有高多态性的萼花臂尾轮虫微卫星位点（12个）,最后确定利用7个微卫星位点进行萼花臂尾轮虫野外种群遗传结构和微卫星位点突变率分析。2.为确定明泽湖中萼花臂尾轮虫隐蔽种复合体的组成,本次研究应用ITS分子标记技术,通过比较ITS基因序列差异（>4%为不同的隐蔽种）以及构建系统发育树,发现明泽湖中萼花臂尾轮虫隐蔽种复合体由Clade1和Clade2构成。与国际发表的萼花臂尾轮虫分类标准相结合,最终确定明泽湖中Clade1为隐蔽种D,拉丁名为B.calyciflorus s.s.;Clade2为隐蔽种C,拉丁名为B.fernandoi sp.nov.。为方便后续结果的描述,定义Clade1为BC-D;Clade2为BC-C。因为BC-D对温度的耐受性比BC-C低,所以BC-D在早春出现一段时间后被BC-C替代。3.本次研究利用7个微卫星分子标记分析了BC-D和BC-C的遗传多样性,结果表明BC-D群体的观测等位基因数和有效等位基因数分别为4.9286和2.8138;BC-C群体的观测等位基因数和有效等位基因数分别为3.4078和2.2552。在BC-D和BC-C群体中观测杂合度和期望杂合度分别为0.6077和0.6123以及0.6918和0.5203;Nei氏期望杂合度分别为0.5932和0.5123。表明野外萼花臂尾轮虫种群遗传多样性较高。但Hardy-Weinberg遗传平衡检验,每个种群至少有2个位点偏离Hardy-Weinberg平衡。遗传偏离指数D显示种群处在杂合子过剩状态。种群偏离Hardy-Weinberg平衡状态可能是杂合子过剩导致。2个稀有等位基因的频率变化反映出萼花臂尾轮虫中存在一定程度的近交衰退现象。通过基因型多样性分析表明萼花臂尾轮虫种群基因型多样性较高,而且在随着种群的演替经历了克隆选择效应。4.为了确定野外萼花臂尾轮虫种群杂合子过剩的原因,我们进行了萼花臂尾轮虫微卫星位点突变率的相关研究。本次研究检测实验室克隆培养的4个萼花臂尾轮虫种群约30和50世代在7个微卫星位点的数据,计算得到4个克隆种群的微卫星位点突变率。结果显示30世代时7个微卫星位点平均每个世代突变率在8.25×10-4—3.33×10-2之间,所有微卫星位点平均每个世代突变率为1.37×10-2;50世代时7个微卫星位点平均每个世代突变率在0—2×10-2之间,所有微卫星位点平均每个世代突变率为4.65×10-3。对比其他研究结果,萼花臂尾轮虫微卫星位点的突变率处在相对较高的水平。通过比较野外萼花臂尾轮虫种群和实验室4个克隆种群的等位基因频率分布可知捕食压力促进了稀有等位基因的产生。而且在遗传结构上均表现出杂合子过剩的状态,说明杂合子过剩是微卫星位点较高的突变率导致的。综上所述,大连儿童公园明泽湖中萼花臂尾轮虫种群是由非重叠的隐蔽种复合体组成,分别为隐蔽种BC-C（B.calyciflorus s.s.）和BC-D（B.fernandoi sp.nov）。两个种群均具有较高的遗传多样性。同时在温度和晶囊轮虫的双重压力下,导致BC-D在水体中消失,但由于休眠卵库的补充,孵化出BC-C继续种群的繁衍。BC-C的遗传结果表明种群经历了克隆选择效应并且种群内存在一定程度的近交衰退现象。在捕食压力下和微卫星位点突变率较高的情况下,萼花臂尾轮虫种群在倾向孤雌繁殖的同时有产生新的等位基因,使得杂合子过剩,导致种群偏离Hardy-Weinberg平衡。
罗燕秋[4]（2019）在《基于微卫星标记对南海珊瑚群体遗传学的研究》文中研究说明受人类活动和气候变化的双重影响,南海珊瑚礁生态系统正快速退化。本研究选取在南海不同纬度珊瑚礁区广泛分布的澄黄滨珊瑚（Porites lutea）,以及主要分布于低纬度地区且对温度比较敏感的鹿角杯形珊瑚（Pocillopora damicornis）为研究对象,揭示南海不同区域珊瑚之间的遗传多样性、遗传结构以及遗传连通性,这将有助于南海珊瑚礁生态系统的科学保护和修复。虽然适用于广布的滨珊瑚属的微卫星标记已经被开发,且在实际运用中十分成熟,但是主要分布于低纬度的鹿角杯形珊瑚却缺乏微卫星标记。因此本研究应用人工白化的方法获得了污染较低的鹿角杯形珊瑚的基因组,并利用简化基因组测序的方法对鹿角杯形珊瑚进行微卫星标记的开发。另外,本研究通过9对高多态性的微卫星标记对南海6个地理区域、14个不同纬度的共334个澄黄滨珊瑚个体进行了群体遗传结构、遗传多样性研究,探讨了南海澄黄滨珊瑚的有性繁殖方式、不同纬度之间的连通性、以及造成遗传变异的因素。主要结论如下（1）采用简化基因组测序对鹿角杯形珊瑚进行了微卫星标记的开发,一共得到鹿角杯形珊瑚微卫星引物2786对,并成功验证了7对微卫星引物,为南海珊瑚群体遗传学的研究提供了新的技术支撑。（2）南海澄黄滨珊瑚具有丰富的独立等位基因型（N/Ng=0.99±0.13）,表明南海澄黄滨珊瑚以有性繁殖为主导,能够通过有性繁殖的方式进行幼虫补充。因此,南海的澄黄滨珊瑚群体可能具有较高的遗传潜力。（3）与南海其他珊瑚礁区相比,位于大亚湾海区的澄黄滨珊瑚群体的遗传多样性较低,这可能是由于大亚湾边缘性的地理环境（冬季低温）和物种组成的纬度梯度等因素所致。（4）Mantel’test的结果显示地理距离和遗传距离的关联性只有16.12%,表明地理隔离对南海澄黄滨珊瑚的遗传变异的影响较小,相对高纬度与低纬度之间的遗传变异可能是由于纬度间环境因素（如SST）的差异性导致的。（5）微卫星标记的FsT值揭示,相对高纬度的大亚湾珊瑚群体和其他的珊瑚群体存在显着的遗传变异,随着纬度的降低,差异性越小,低纬度地区的珊瑚群体间不存在遗传变异。据调查发现,SST的波动性随着纬度的降低逐趋稳定。因此,我们推测不同纬度的SST波动性的差异导致澄黄滨珊瑚发生遗传变异。
王艺诺[5]（2019）在《基于微卫星标记的羊草基因型分型研究》文中认为羊草（Leymus chinensis）是欧亚草原区广泛分布的多年生禾本科牧草。羊草作为牧草之王,广泛分布于我国东北西部及内蒙古东部草原区,兼具生态价值与经济价值,是我国温带草原上重要的优势植物种。羊草不仅产量高,且适应性强,具有抗旱、抗寒、耐盐碱等特点,因而在长期的适应和进化过程中,在形态结构、生理生化反应直到DNA水平上均产生不同程度的分化,最终形成了不同基因型的羊草。本实验以不同基因型羊草作为研究对象,采用SSR分子标记技术,从DNA水平上对羊草的不同基因型进行分型,不仅为羊草品种鉴别和分子标记辅助育种提供了理论依据,同时也为羊草在分子标记开发、分子进化以及优质育种提供了理论依据。50对适合赖草属的引物,最终得到适用于羊草微卫星PCR扩增的共15对,最适的退火温度范围为5669℃,且每对引物的等位基因位点分别是CAC、GCC、GA、CAA、TC、AGT、TCT、CAA、CA、TC、CGG、CTG、ACACA、GTC、AG。最终确定这15对引物针对12种基因型羊草个体能扩增出的条带清晰、重复性好且符合预计片段的大小范围的引物。对15对引物5’-FAM端荧光修饰后确定每对荧光引物最适退火温度范围为6069℃,且15对引物PCR扩增结果成功,都可用于毛细管电泳检测。经毛细管电泳检测,其中有两对引物GWM382和Ltc1570由于目标片段太小（80 bp左右）,合成效果不好,荧光信号较弱甚至没有信号,没有检测出电泳图谱,剩下的13对荧光引物可用于羊草的基因分型。且根据扩增得到的电泳图谱分析得知,共扩增出45个等位基因,每个引物可以检测到1-7个等位基因,平均每对引物有3.46个等位基因,且不同基因型所得扩增条带的分子量在80200 bp之间。本实验以杂峰少为基本原则,结合等位基因和PIC筛选标准,选取4对核心引物,也是最有效的核心引物组合Ltc0157、Ltc0621、Ltc1100和GDM068,用于区分鉴别12种基因型羊草。通过引物Ltc0157区分出基因型2-TM、3-LN、4-CM和9-CL,再由引物Ltc0621区分出基因型6-GY和8-LB,引物GDM068区分出基因型7-ZS和10-HM,最后用引物Ltc1100区分基因型1-DQ、5-ZL、11-EE和12-ZK。除此之外,根据数据分析出备选方案,选取6对核心引物Ltc1100、Ltc0157、Ltc0621、Ltc1179、Ltc0520和GDM068,对12种基因型进行分型研究。
方振朋[6]（2019）在《微卫星标记在凡纳滨对虾遗传背景及抗WSSV性能分析中的应用》文中研究指明凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）以其适应能力强、生长速度快、抗逆性强等优势,现已成为目前世界上养殖产量最高的对虾品种。我国凡纳滨对虾苗种主要来源于进口亲虾（SIS、PRIMO、正大等）、国内自主选育新品种及二、三代自繁苗种,遗传背景比较复杂。同时,凡纳滨对虾养殖受多种病原(如IHHNV、TSV、VPAHPND、YHV、IMNV、WSSV等)影响,其中WSSV依然是危害最大的病原之一,其发病快,死亡率高,极大制约着凡纳滨对虾养殖业的发展。结合目前国内凡纳滨对虾的养殖现状,本文以凡纳滨对虾引进群体及国内不同商业品牌苗种为研究材料,利用微卫星分子标记进行家系亲权鉴定、遗传多样性分析及抗WSSV性能差异分析,以期为凡纳滨对虾优良品种选育工作提供基础参考数据。本研究取得的主要结果如下:1.基于SSR标记的凡纳滨对虾家系亲权鉴定以凡纳滨引进群体构建的36个家系子代与母本（共计396尾）为实验材料,建立直接扩增PCR技术进行微卫星分型,并进行家系亲权鉴定。结果显示,8个微卫星位点总等位基因数为108个,平均每个位点等位基因数为13.5个;平均PIC值为0.706,平均观测杂合度（HO）为0.657,平均期望杂合度（He）为0.731;第一亲本累积排除率达99.49%,第二亲本累积排除率达99.98%,双亲累积排除率为99.99%;模拟母本配对率为94.40%,36个家系360尾子代个体,配对成功的为308尾,实际母本配对率为85.56%,平均每个家系的10尾子代个体与候选母本配对成功个数为8.56个。结果表明,8个微卫星位点具有较好的鉴定效率,直接扩增PCR技术可初步应用于凡纳滨对虾家系鉴定中,为凡纳滨对虾家系选育研究提供参考。2.国内商业品牌凡纳滨对虾苗种遗传多样性分析以国内6个商业品牌凡纳滨对虾群体（共计180尾个体）为研究对象,利用8对微卫星引物进行了遗传多样性和亲缘关系分析。结果显示,8个微卫星位点的观测杂合度（HO）平均为0.486;期望杂合度（He）平均为0.745;87.5%（7/8）的位点平均多态信息含量（PIC）都在0.5以上;5个（62.5%）位点显着偏离哈-温平衡（P<0.05）;分子变异方差分析（AMOVA）发现,仅有12%的遗传变异来自于品牌间,24%来自于品牌内个体间,其余64%的变异均来自于品牌内部;根据所得Fst值分析,26.67%两两品牌间无分化,而73.33%两两品牌间出现中等程度分化;从UPGM A聚类图中可以看出,6个品牌的凡纳滨对虾聚为两个明显的分支:广州P和广州Z聚为一支,东营M、黄骅R、海南Z、海南S聚为另一支。综合实验数据,各品牌遗传多样性丰富程度从高到低分别为:黄骅R>广州Z>广州P>海南Z>东营M>海南S。本实验结果分析了当前国内部分商业苗种的遗传背景,研究结果可为凡纳滨对虾基础群体的构建提供基础数据。3.不同凡纳滨对虾商业苗种对白斑综合征病毒（WSSV）的抗性比较及抗WSSV相关SSR位点初步研究本实验以国内6个商业品牌凡纳滨对虾（1409尾）为材料,对其进行了人工单尾、定量饲喂WSSV感染及同池测试,比较各个品牌凡纳滨对虾抗WSSV能力,并且将研究结果与第二部分研究结果进行比较,分析遗传多样性与抗病力强弱的关系;同时,对实验中存活时间差异显着的个体进行微卫星标记关联分析,以期初步获得抗WSSV相关SSR位点。实验结果显示:在WSSV感染测试实验中,广州P品牌凡纳滨对虾存活时间最长,极显着高于其他品牌;相同时间内,其累积死亡率最低,死亡分布多集中于实验的中后期,且在实验结束后依旧有26尾对虾存活;其余各品牌对虾在实验期内全部死亡;东营M品牌与其他品牌间的实验结果对比中存在明显的差距,其呈现出的抗病能力最弱;其他四个品牌对虾对抗WSSV抗性差异不显着。抗WSSV能力各品牌对虾由强到弱排列为:广州P>黄骅R>广州Z>海南Z>海南S>东营M,通过对比第二部分实验结果,可以看出遗传多样性丰富的凡纳滨对虾具有更好的抗病性能;8个微卫星位点中有5个位点与抗WSSV能力存在中度关联,关联的等位基因分别为:TuMXLv7.56-332、TuMXLv9.90-292、TuMXLv7.121-243、Lv12-127和M1103-388,本实验并没有获得与抗病性高度关联的微卫星位点,后续将继续开展实验,挖掘与抗病性高度相关的微卫星位点,辅助凡纳滨对虾抗WSSV选育。
周文婕[7]（2018）在《千岛湖片段化景观中网梨须步甲遗传多样性及其影响因素研究》文中提出生境片段化（habitat fragmentation）是指大片连续分布的生境,被与原始生境不同的基质隔离,从而形成空间上相对隔离的多个片段化小生境。生境片段化现在广泛存在于自然界中,并且是对生物多样性造成影响的重要因素之一。由于修建水库大坝而形成的千岛湖被认为是极为难得的研究生境片段化的天然实验室。本研究在19个陆桥岛屿和4个大陆样地采用巴氏陷阱法从2012年7月至2014年4月,按春、夏、秋三个季度分6次对地表甲虫进行采样,但由于样本量不足,从2015年7月至2017年4月仍按春、夏、秋三个季度在千岛湖库区收集地表甲虫,选取所有样地上均有的一种甲虫网梨须步甲（Synuchus nitidus reticulates）进行SSR引物开发及用SSR分子标记标记网梨须步甲,探讨生境片段化对网梨须步甲遗传多样性产生的影响,主要结果如下:1)通过高通量测序的方法构建DNA基因组文库,经过琼脂糖凝胶电泳,聚丙烯酰胺凝胶电泳以及毛细管电泳的验证,从随机选择的150对SSR引物中获得了8对可用于后续实验的引物,其比率为5.33%;2)对于23个微卫星位点,预期杂合度为0.049到0.491,有效等位基因数Ne从1.052到1.963,Shannon指数从0.118到0.6837;3)千岛湖库区网梨须步甲的有效基因位点数Ne从1.10-1.63,观测杂合度Ho从0.09-0.25,期望杂合度He从0.06-0.36,香农信息指数I从0.10-0.54,种群近交系数Fis绝对值从0.00到0.66;4)网梨须步甲的种群间的遗传距离在0.006-0.177之间,遗传一致度范围为0.841至0.991,岛屿JSD与其他样地产生遗传分化;5)网梨须步甲80.25%遗传变异来源于种群内的交流;6)岛屿的面积与网梨须步甲的遗传多样性呈现正相关,周长、形状及隔离度与网梨须步甲的遗传多样性呈现负相关,暂未形成显着相关关系。由此可知,千岛湖片段化景观对网梨须步甲的遗传多样性产生一定影响,岛屿空间特征暂未对遗传多样性产生显着影响。
杨春芳,曾阳,郭凤霞,王文颖,李锦萍,刘力宽[8]（2017）在《分子标记技术在獐牙菜属植物研究中的应用进展》文中认为獐牙菜属植物主产于中国,以其重要的药用价值而被研究者所青睐。分子标记技术近年来发展迅速,作为一种有效的现代手段被广泛用于药用植物的各个研究领域。首次系统综述了随机扩增多态性DNA（RAPD）、扩增片段长度多态性（AFLP）、简单重复序列区间（SSR）、ISSR和DNA条形码在獐牙菜属植物体细胞杂交、遗传多样性、种质资源鉴定和系统发育构建等方面研究的应用现状,以期为獐牙菜属植物及相关属植物的研究提供一定的参考。
王娟娟,赵明,韩雨威,吴蒙蒙,刘瑞振,沈超,祁哲晨[9]（2016）在《微卫星DNA标记开发技术进展及其在经济植物研究中的应用》文中指出微卫星分子标记技术被广泛应用于分子生物学研究中,具有多态性高、重复性好、共显性表达、杂合度高等特点,在种群遗传多样性、遗传图谱构建等领域发挥不可替代的作用。近年来,随着新一代高通量测序技术的进一步成熟,简单重复序列（simple sequence repeat,SSR）标记的开发技术与应用得到了进一步的发展。现主要对基于高通量测序的微卫星分子标记最新开发技术进行介绍,并从遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定及分子辅助育种等方面,总结近年来SSR标记技术在经济植物研究中的最新应用,最后对SSR技术的应用前景进行展望,以期为利用微卫星技术进行经济植物研究提供参考。
糜亚男[10]（2015）在《不同产地的杜仲遗传多态性及杜仲叶活性成分含量研究》文中研究说明目的：了解全国杜仲资源分布现状,建立杜仲SSR-PCR的优化反应体系,利用微卫星分子标记技术对不同产地杜仲遗传多样性及亲缘关系进行研究,同时利用高效液相色谱法对杜仲叶主要活性成分的含量进行了定量分析,探索不同产区杜仲的遗传差异和化学成分含量的差异,为保护杜仲生物多样性,推动杜仲资源可持续发展以及大宗中药材的综合开发利用奠定基础。方法：（1）综合运用单因素筛选法及L16（45）正交试验设计,探讨杜仲SSR分析中PCR反应体系的主要成分对扩增结果的影响,并运用SPSS软件对试验结果进行了分析；（2）对设计的29对EST-SSR引物以及20对己发表的杜仲SSR引物进行筛选,获得的高多态性引物对不同产区杜仲的125个个体进行遗传多样性及亲缘关系分析；采用Agela Technologies PromosilC18（4.6mm×250mm,5μm）色谱柱,以乙腈-0.1%磷酸水为流动相梯度洗脱,检测波长为210nm,以主要活性成分为考察指标,对不同产地杜仲叶主要有效成分差异进行评价。结果：最终确定优化的PCR反应体系为：10×PCR Buffer缓冲液2μL,Taq DNA聚合酶0.5U,Mg2+1.25mmol. L-1, dNTP0.2mmol. L-1,引物0.3μmol.L-1,模板DNA60ng,定容至20μL。各因素水平变化对反应体系影响大小依次为：Mg2+>Taq DNA聚合酶>引物>dNTP>模板DNA。（2）筛选得到的18对引物共扩增出74条清晰带。多态位点百分率为95.95%～78.38%,Nei’s基因多样性为0.3620～0.3114,Shannon’s多态性信息指数为0.5285～0.4550,基因分化系数Gst=0.1149。各项系数均是湖南石门的最大,湖南桑植次之,而陕西略阳的最低。聚类分析表明,湖南石门与桑植之间遗传距离最小,重庆秀山与陕西略阳之间遗传距离最大。（3）不同产地杜仲叶活性成分的含量测定及聚类分析结果表明,贵州遵义和重庆秀山杜仲叶质量最佳。结论：利用优化得到的SSR-PCR体系进行扩增,所得的谱带明亮清晰,稳定性和重现性良好。以此分析杜仲不同居群间亲缘关系和遗传多样性,发现杜仲居群内具有丰富的遗传多样性,而不同群体间的遗传多样性低,居群间存在较大基因流。杜仲叶活性成分含量间的差异体现了不同产区杜仲叶的品质差距,为药材质量的评价及优良种的选育提供了科学依据。
二、微卫星标记的发展及植物研究中的应用（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、微卫星标记的发展及植物研究中的应用（论文提纲范文）
（1）松嫩平原羊草叶色渐变群遗传多样性及其分化机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 引言 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.2 研究现状与进展 |
| 1.2.1 植物渐变群国内外研究现状 |
| 1.2.2 植物遗传多样性研究进展 |
| 1.2.3 植物光合生理特征研究进展 |
| 1.2.4 无性系植物分株表型特征研究进展 |
| 1.2.5 无性系植物种群结构研究进展 |
| 1.2.6 羊草叶色渐变群研究进展 |
| 1.3 研究目的与意义 |
| 1.3.1 研究目的 |
| 1.3.2 研究意义 |
| 1.4 技术路线 |
| 第二章 研究区概况和研究方法 |
| 2.1 研究物种介绍 |
| 2.2 野外样点概况 |
| 2.3 同质园实验设计 |
| 2.4 研究方法 |
| 2.4.1 遗传多样性的研究方法 |
| 2.4.2 光合生理特征的研究方法 |
| 2.4.3 分株表型特征的研究方法 |
| 2.4.4 种群数量特征的研究方法 |
| 2.4.5 数据处理方法 |
| 第三章 天然条件下羊草叶色渐变群遗传多样性研究 |
| 3.1 遗传多样性 |
| 3.1.1 期望杂合度的比较 |
| 3.1.2 香农多样性指数的比较 |
| 3.1.3 均匀度的比较 |
| 3.2 遗传结构和基因流格局 |
| 3.2.1 分子变异率分析 |
| 3.2.2 遗传分化系数与基因流的比较 |
| 3.2.3 种群间与种群内基因多样性的比较 |
| 3.2.4 遗传距离与遗传一致度的比较 |
| 3.2.5 遗传距离与地理距离的相关性分析 |
| 3.3 基于微卫星标记的遗传聚类分析 |
| 3.3.1 主成分分析 |
| 3.3.2 非加权组平均法聚类分析 |
| 3.3.3 邻接法聚类分析 |
| 3.4 遗传多样性与生态因子的相关性分析 |
| 3.5 讨论 |
| 3.5.1 遗传多样性及其进化关系分析 |
| 3.5.2 遗传分化及其影响因素分析 |
| 第四章 同质园条件下羊草叶色渐变群生理特性研究 |
| 4.1 叶片的光合生理特征 |
| 4.1.1 气体交换参数的比较 |
| 4.1.2 光合日动态的比较 |
| 4.1.3 光合速率对光强的响应 |
| 4.1.4 光合速率对CO_2浓度的响应 |
| 4.1.5 叶绿素荧光特征的比较 |
| 4.1.6 光合酶活性的比较 |
| 4.2 叶片的光合色素含量及变化规律 |
| 4.2.1 光合色素含量的比较 |
| 4.2.2 光合色素含量与叶龄的关系 |
| 4.3 基于光合生理的叶片功能性状 |
| 4.3.1 功能性状的比较 |
| 4.3.2 功能性状与叶龄的关系 |
| 4.4 叶片光合速率与其性状的相关性分析 |
| 4.5 光合生理特征的聚类分析 |
| 4.5.1 主成分分析 |
| 4.5.2 聚类分析 |
| 4.6 讨论 |
| 4.6.1 光合特征日变化探讨 |
| 4.6.2 特定环境因子对光合特征的影响 |
| 4.6.3 自身因素对光合特征的影响 |
| 4.6.4 叶绿素荧光特征探讨 |
| 4.6.5 生理分化的成因分析 |
| 第五章 同质园条件下羊草叶色渐变群分株表型特征研究 |
| 5.1 分株表型特征 |
| 5.1.1 营养株表型特征的比较 |
| 5.1.2 生殖株表型特征的比较 |
| 5.2 分株表型特征聚类分析 |
| 5.2.1 营养株聚类分析 |
| 5.2.2 生殖株聚类分析 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 营养株的生长和物质分配策略分析 |
| 5.3.2 生殖株的生长和物质分配策略分析 |
| 5.3.3 分株表型分化的成因分析 |
| 第六章 同质园条件下羊草叶色渐变群数量特征研究 |
| 6.1 营养繁殖特征及其规律 |
| 6.1.1 种群密度与高度的比较 |
| 6.1.2 营养繁殖规律的比较 |
| 6.2 物质生产与生物量分配 |
| 6.2.1 地上生物量的比较 |
| 6.2.2 地下生物量的比较 |
| 6.2.3 根冠比的比较 |
| 6.3 不同构件年龄结构 |
| 6.3.1 分株年龄结构的比较 |
| 6.3.2 不同龄级分株生产力的比较 |
| 6.3.3 根茎年龄结构的比较 |
| 6.3.4 不同龄级根茎贮藏力的比较 |
| 6.4 冬眠构件数量特征 |
| 6.4.1 芽库密度的比较 |
| 6.4.2 苗库密度的比较 |
| 6.4.3 芽库密度与生长时间的关系 |
| 6.4.4 苗库密度与生长时间的关系 |
| 6.5 讨论 |
| 6.5.1 营养繁殖规律的异同分析 |
| 6.5.2 种群生存与发展策略的异同分析 |
| 6.5.3 冬眠构件组成及形成规律的异同分析 |
| 第七章 结论与展望 |
| 7.1 主要结论 |
| 7.2 主要创新点 |
| 7.3 存在问题与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在学期间公开发表的论文 |
| 攻读博士学位期间参与的科研项目 |
| 攻读博士学位期间参加的学术会议 |
（2）基于转录组SSR、SNP标记的苦玄参遗传多样性及有效成分关联位点分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 中英文对照及英文缩写词表 |
| 引言 |
| 第一章 综述 |
| 第一节 药用植物种质资源研究动态 |
| 一、药用植物种质资源及保护现状 |
| 二、药用植物遗传多样性研究 |
| 三、药用植物分子育种研究 |
| 第二节 壮药药用资源研究动态 |
| 一、壮药药用资源概况 |
| 二、壮药资源利用历史及现状 |
| 三、壮药药用资源保护现状 |
| 第三节 苦玄参研究动态 |
| 一、苦玄参药用资源地理分布及资源利用现状 |
| 二、苦玄参生物学特性 |
| 三、苦玄参人工繁育及栽培 |
| 四、苦玄参化学成分及主要活性成分含置测定 |
| 第四节 分子标记技术研究动态 |
| 一、RFLP标记发展及应用 |
| 二、RAPD标记发展及应用 |
| 三、ISSR标记发展及应用 |
| 四、SSR标记发展及应用 |
| 五、SNP标记发展及应用 |
| 第二章 苦玄参有效成分含量分析 |
| 一、材料与方法 |
| 二、结果与分析 |
| 1. 不同省份群体样含量差异分析 |
| 2. 群体苦玄参苷含量差异 |
| 3. 单株样苦玄参苷含量差异比较 |
| 三、讨论 |
| 四、小结 |
| 第三章 苦玄参转录组测序及功能注释 |
| 第一节 苦玄参转录组测序 |
| 一、材料与方法 |
| 二、结果与分析 |
| 1. 测序数据量统计 |
| 2. 转录组文库质量评估 |
| 2.1 mRNA片段化随机性检验 |
| 2.2 插入片段长度检验 |
| 2.3 转录组测序数据饱和度检验 |
| 3. 组装结果统计 |
| 4. 不同样品总体表达量比对 |
| 三、讨论 |
| 四、小结 |
| 第二节 苦玄参转录组功能注释及CDS预测 |
| 一、材料与方法 |
| 二、结果与分析 |
| 1. 组装结果Unigene功能注释 |
| 1.1 苦玄参同源序列的物种分析 |
| 1.2 Unigene的GO功能分类分析 |
| 1.3 Unigene的COG功能分类 |
| 1.4 Unigene的KOG统计分析 |
| 2. 编码蛋白框(CDS)的核苷酸和氨基酸序列分析 |
| 三、讨论 |
| 四、小结 |
| 第四章 转录组SNP遗传结构分析及有效成分关联基因挖掘 |
| 第一节 苦玄参转录组SNP位点挖掘 |
| 一、材料与方法 |
| 二、结果与分析 |
| 1. SNP位点统计 |
| 2. 基因的SNP密度分布 |
| 三、讨论 |
| 四、小结 |
| 第二节 基于转录组SNP标记的苦玄参遗传结构分析 |
| 一、材料与方法 |
| 二、结果与分析 |
| 1. 苦玄参群体遗传结构分析 |
| 1.1 进化分析 |
| 1.2 群体结构分析 |
| 1.3 PCA分析 |
| 2. 单株遗传亲缘关系分析 |
| 2.1 进化分析 |
| 2.2 群体结构分析 |
| 2.3 PCA分析 |
| 三、讨论 |
| 四、小结 |
| 第三节 苦玄参有效成分关联转录组SNP基因位点分析 |
| 一、材料与方法 |
| 二、结果与分析 |
| 1. 基因表达量分析 |
| 2. 关联分析 |
| 2.1 SNP关联分析结果 |
| 2.2 GEM关联分析结果 |
| 2.3 联合分析结果 |
| 三、讨论 |
| 四、小结 |
| 第五章 苦玄参EST-SSR遗传多样性及品质基因关联分析 |
| 第一节 苦玄参转录组SSR位点挖掘 |
| 一、材料与方法 |
| 二、结果与分析 |
| 三、讨论 |
| 四、小结 |
| 第二节 EST-SSR引物开发及群体遗传多样性分析 |
| 一、材料与方法 |
| 二、结果与分析 |
| 1. 引物开发和检测 |
| 1.1 转录组引物设计 |
| 1.2 引物筛选和多态性验证 |
| 2. PCR扩增结果 |
| 3. 遗传多样性分析 |
| 3.1 各位点PIC值 |
| 3.2 群体遗传多样性分析 |
| 3.3 F统计值和基因流 |
| 3.4 遗传距离和聚类分析 |
| 三、讨论 |
| 四、小结 |
| 第三节 栽培单株苦玄参SSR遗传多样性及品质性状相关标记分析 |
| 一、材料与方法 |
| 二、结果与分析 |
| 1. 各位点PIC值及群体遗传多样性 |
| 2. F统计检验结果及基因流 |
| 3. 遗传距离和聚类分析 |
| 4. 苦玄参苷含量关联标记相关分析 |
| 三、讨论 |
| 四、小结 |
| 第六章 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 |
（3）萼花臂尾轮虫野外群体遗传多样性的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 综述 |
| 1.1 萼花臂尾轮虫简介 |
| 1.2 DNA条形码技术 |
| 1.3 隐蔽种的存在及鉴别 |
| 1.4 微卫星标记及其应用的研究 |
| 1.4.1 微卫星简介 |
| 1.4.2 微卫星标记的优势 |
| 1.4.3 微卫星开发存在的问题 |
| 1.4.4 微卫星标记多态性形成机理 |
| 1.4.5 微卫星标记分析流程 |
| 1.4.6 微卫星标记的应用 |
| 1.5 本研究的目的与意义 |
| 第二章 基于转录组微卫星标记的开发 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 微卫星开发 |
| 2.2.1 萼花臂尾轮虫的培养和收集 |
| 2.2.2 萼花臂尾轮虫转录组测序 |
| 2.3 微卫星标记初筛 |
| 2.3.1 实验仪器 |
| 2.3.2 实验试剂 |
| 2.3.3 萼花臂尾轮虫DNA提取 |
| 2.3.4 引物退火温度的筛选 |
| 2.3.5 琼脂糖电泳检测 |
| 2.4 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 2.4.1 实验仪器 |
| 2.4.2 实验试剂 |
| 2.4.3 实验过程 |
| 2.5 实验结果 |
| 2.6 讨论 |
| 2.6.1 转录组测序技术在开发微卫星标记中的应用 |
| 2.6.2 微卫星序列特征分析 |
| 2.6.3 PCR体系优化 |
| 2.6.4 部分引物或个体得不到扩增产物的原因 |
| 第三章 萼花臂尾轮虫隐蔽种的鉴定 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 样品采集和培养 |
| 3.2.2 DNA提取,PCR扩增和测序 |
| 3.2.3 DNA数据分析 |
| 3.2.4 系统发育树构建 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 采样结果 |
| 3.3.2 琼脂糖电泳结果 |
| 3.3.3 ITS序列校准 |
| 3.3.4 BLAST结果 |
| 3.3.5 序列相似性 |
| 3.3.6 ITS序列特征 |
| 3.3.7 系统发育树分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 系统发育关系 |
| 3.4.2 季节演替 |
| 第四章 萼花臂尾轮虫种群遗传结构的变化 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 样品采集与培养 |
| 4.2.2 DNA提取 |
| 4.2.3 微卫星(SSR)检测 |
| 4.2.4 数据分析 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 样品采集 |
| 4.3.2 群体遗传多样性分析 |
| 4.3.3 基因型多样性 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 样本数量 |
| 4.4.2 群体遗传多样性 |
| 4.4.3 稀有等位基因 |
| 4.4.4 基因型多样性和克隆选择 |
| 第五章 萼花臂尾轮虫实验室种群微卫星位点突变累积研究 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 样品采集与培养 |
| 5.2.2 实验过程 |
| 5.2.3 DNA提取 |
| 5.2.4 微卫星(SSR)位点检测 |
| 5.2.5 ITS扩增检测 |
| 5.2.6 数据分析 |
| 5.2.7 隐蔽种的鉴定 |
| 5.2.8 系统发育树的构建 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 ITS序列差异和系统发育关系 |
| 5.3.2 微卫星位点突变实验 |
| 5.3.3 等位基因频率分布 |
| 5.3.4 种群遗传多样性 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 突变率 |
| 5.4.2 等位基因频率 |
| 5.4.3 种群遗传多样性 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表的论文 |
| 致谢 |
| 附录1 |
| 附录2 |
| 附录3 |
（4）基于微卫星标记对南海珊瑚群体遗传学的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 南海造礁石珊瑚概况 |
| 1.1.1 珊瑚 |
| 1.1.2 造礁石珊瑚 |
| 1.1.3 南海造礁石珊瑚的概况 |
| 1.2 珊瑚群体遗传学研究现状 |
| 1.2.1 分子标记技术在珊瑚群体遗传学上的应用与发展现状 |
| 1.2.2 第一代分子标记技术在珊瑚群体遗传学上的应用 |
| 1.2.3 第二代分子标记技术在珊瑚群体遗传学上的应用 |
| 1.2.4 第三代分子标记技术在珊瑚群体遗传学上的应用 |
| 1.2.5 珊瑚群体遗传学研究的意义 |
| 1.3 珊瑚微卫星标记的开发和应用 |
| 1.3.1 微卫星标记的获取途径 |
| 1.3.2 珊瑚微卫星开发面临的困难 |
| 1.4 本研究的内容与目的 |
| 1.4.1 研究的目的与意义 |
| 1.4.2 研究的内容 |
| 1.4.3 本研究的技术路线 |
| 第二章 研究区域概况 |
| 2.1 大亚湾珊瑚概况 |
| 2.2 涠洲岛珊瑚礁区概况 |
| 2.3 三亚鹿回头珊瑚礁区概况 |
| 2.4 西沙群岛珊瑚礁区概况 |
| 2.5 中沙群岛的黄岩岛珊瑚礁区概况 |
| 2.6 南沙群岛珊瑚礁区概况 |
| 第三章 珊瑚微卫星标记的开发与验证 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 鹿角杯形珊瑚样本的获取 |
| 3.1.2 Illumina MiSeq PE300高通量测序 |
| 3.1.3 微卫星标记的开发 |
| 3.1.4 微卫星标记的验证 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 鹿角杯形珊瑚的高通量测序结果 |
| 3.2.2 鹿角杯形珊瑚微卫星的数量和分布密度 |
| 3.2.3 微卫星标记的不同重复类型中各重复单元数量与频率 |
| 3.2.4 鹿角杯形珊瑚微卫星标记的验证结果 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 南海不同纬度的珊瑚群体遗传学研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 样品采集及采样点环境特征 |
| 4.1.2 微卫星分析 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 独立等位基因型 |
| 4.2.2 哈迪-温伯格平衡 |
| 4.2.3 近交系数 |
| 4.2.4 遗传多样性 |
| 4.2.5 遗传变异 |
| 4.2.6 聚类分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 南海澄黄滨珊瑚的繁殖方式主要为有性繁殖 |
| 4.3.2 边缘性环境导致大亚湾珊瑚遗传多样性低 |
| 4.3.3 南海澄黄滨珊瑚的不同纬度间的遗传结构差异 |
| 4.3.4 不同纬度的珊瑚产卵期会影响南海珊瑚的遗传变异 |
| 4.3.5 表层海水温度差异是影响南海澄黄滨珊瑚遗传变异的一个重要因素 |
| 4.3.6 生态学意义 |
| 第五章 结论及展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 主要创新点 |
| 5.3 研究展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 |
（5）基于微卫星标记的羊草基因型分型研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 引言 |
| 1.1 分子生态学研究进展 |
| 1.1.1 分子生态学的产生与定义 |
| 1.1.2 分子生态学的研究方法 |
| 1.1.3 分子生态学的研究内容 |
| 1.2 微卫星标记的简介 |
| 1.2.1 微卫星的概念及结构组成 |
| 1.2.2 微卫星标记的优缺点 |
| 1.2.3 微卫星标记的技术方法与应用 |
| 1.3 羊草的分子生态学研究进展 |
| 1.4 立题依据 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验用品 |
| 2.2.1 实验仪器 |
| 2.2.2 实验试剂 |
| 2.2.3 实验溶液 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 羊草DNA的提取 |
| 2.3.2 SSR分子标记 |
| 2.3.2.1 SSR的引物合成 |
| 2.3.2.2 SSR的引物筛选 |
| 2.3.2.3 普通引物PCR扩增反应 |
| 2.3.2.4 琼脂糖凝胶电泳检测 |
| 2.3.2.5 聚丙烯酰胺凝胶电泳检测及银染显色 |
| 2.3.2.6 引物荧光标记及PCR扩增反应 |
| 2.3.2.7 毛细管电泳检测方法 |
| 2.4 羊草数据分析及基因分型 |
| 第3章 结果与分析 |
| 3.1 基因组DNA的提取 |
| 3.2 羊草SSR引物的初步筛选 |
| 3.2.1 退火温度的优化 |
| 3.2.2 聚丙烯酰胺凝胶电泳检测 |
| 3.3 特异性荧光引物修饰 |
| 3.4 毛细管电泳检测及基因分型 |
| 3.4.1 引物等位基因信息分析 |
| 3.4.2 毛细管电泳图谱及基因分型 |
| 3.4.2.1 部分毛细管电泳图谱分析 |
| 3.4.2.2 羊草基因分型结果分析 |
| 3.4.2.3 羊草基因分型备选方案 |
| 第4章 讨论与结论 |
| 4.1 基因组DNA的提取 |
| 4.2 SSR引物的筛选 |
| 4.3 聚丙烯酰胺凝胶电泳与毛细管电泳比较 |
| 4.4 核心引物的选择 |
| 4.5 结论 |
| 4.6 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
（6）微卫星标记在凡纳滨对虾遗传背景及抗WSSV性能分析中的应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 引言 |
| 1.凡纳滨对虾遗传研究现状 |
| 1.1 凡纳滨对虾简介 |
| 1.2 世界范围凡纳滨对虾种质资源发展及现状 |
| 1.3 国内凡纳滨对虾种质资源发展及现状 |
| 2.遗传标记的研究进展 |
| 2.1 形态学标记 |
| 2.2 细胞学标记 |
| 2.3 生化标记 |
| 2.4 分子标记 |
| 2.4.1 第一代分子标记 |
| 2.4.2 第二代分子标记 |
| 2.4.3 第三代分子标记 |
| 3.分子标记在遗传育种中的应用 |
| 3.1 构建分子标记遗传图谱 |
| 3.2 QTL定位 |
| 3.3 遗传多样性分析 |
| 3.4 亲缘关系鉴定 |
| 3.5 家系亲权鉴定 |
| 4.白斑综合征病毒(WSSV)简介及水产动物抗WSSV选育研究进展 |
| 4.1 白斑综合征病毒(WSSV) |
| 4.2 水产动物抗WSSV选育研究进展 |
| 5.本研究目的及意义 |
| 第二章 基于SSR标记的凡纳滨对虾家系亲权鉴定 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.2.1 家系构建 |
| 1.2.2 荧光标记 |
| 1.2.3 微卫星位点选取 |
| 1.2.4 凡纳滨对虾肌肉组织DNA粗提 |
| 1.2.5 PCR反应液的配制 |
| 1.2.6 PCR程序的设置 |
| 1.2.7 基因分型 |
| 1.3 数据处理 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 基因分型 |
| 2.2 遗传参数信息 |
| 2.3 亲权排除率分析 |
| 2.4 家系间亲缘关系分析 |
| 2.5 亲权鉴定结果分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 水产动物传统物理标记的不足 |
| 3.2 直接扩增PCR |
| 3.3 其他水产动物利用微卫星标记进行家系鉴定的研究 |
| 3.4 配对成功率的影响因素 |
| 第三章 国内商业品牌凡纳滨对虾苗种遗传多样性分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.3 数据处理 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 6个商业品牌凡纳滨对虾遗传变异参数分析 |
| 2.2 6个商业品牌凡纳滨对虾遗传分化和遗传结构 |
| 3 讨论 |
| 第四章 凡纳滨对虾商业苗种对白斑综合征病毒(WSSV)的抗性比较及抗WSSV能力相关微卫星位点初步研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料与暂养方法 |
| 1.2 WSSV毒饵制备 |
| 1.3 WSSV感染与测试样品收集 |
| 1.4 各品牌商业苗种凡纳滨对虾抗WSSV实验数据分析 |
| 1.5 凡纳滨对虾DNA提取 |
| 1.6 PCR扩增和基因分型 |
| 1.7 STR数据分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 各商业苗种凡纳滨对虾经WSSV感染后存活时间比较 |
| 2.2 各商业苗种凡纳滨对虾死亡分布情况 |
| 2.3 各商业苗种凡纳滨对虾经WSSV感染后的累积死亡率 |
| 2.4 各商业苗种凡纳滨对虾感染WSSV后不同时间段死亡数量 |
| 2.5 抗病与非抗病组凡纳滨对虾取样结果 |
| 2.6 8个微卫星位点与抗病力相关性卡方检验结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 各商业品牌凡纳滨对虾对WSSV抗性分析 |
| 3.2 抗病组与非抗病组样本的选取策略 |
| 3.3 卡方检验准确性 |
| 3.4 抗WSSV选育新思路 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
（7）千岛湖片段化景观中网梨须步甲遗传多样性及其影响因素研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 生境片段化对遗传多样性的影响 |
| 1.1.1 生境片段化简介 |
| 1.1.2 遗传多样性简介 |
| 1.1.3 生境片段化对遗传多样性的影响 |
| 1.2 地表甲虫及网梨须步甲研究概况 |
| 1.2.1 地表甲虫概述 |
| 1.2.2 地表甲虫多样性的研究进展 |
| 1.2.3 网梨须步甲概述 |
| 1.3 遗传多样性的研究方法 |
| 1.3.1 遗传多样性的标记方法 |
| 1.3.1.1 形态标记 |
| 1.3.1.2 细胞标记 |
| 1.3.1.3 生化标记 |
| 1.3.1.4 分子标记 |
| 1.3.2 微卫星分子标记简介 |
| 1.3.3 两种不同的微卫星分子标记 |
| 1.3.4 遗传多样性的研究现状及意义 |
| 1.4 微卫星引物开发方法概述 |
| 1.4.1 微卫星标记引物开发方法 |
| 1.4.2 高通量测序开发引物 |
| 1.5 本论文的研究内容及意义 |
| 2 网梨须步甲的野外采集 |
| 2.1 研究地区概况与研究方法 |
| 2.1.1 千岛湖研究地区自然概况 |
| 2.1.2 研究样地的设置 |
| 2.1.3 采集时间 |
| 2.1.4 采样方法及鉴定 |
| 2.1.5 岛屿参数的设定 |
| 2.2 结果与讨论 |
| 2.2.1 调查结果 |
| 2.2.2 讨论 |
| 3 网梨须步甲基因组微卫星引物开发 |
| 3.1 试验材料、仪器与试剂 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 主要仪器和设备 |
| 3.1.3 试验试剂 |
| 3.2 网梨须步甲DNA提取： |
| 3.3 DNA文库构建及拼接获得SSR标记 |
| 3.4 SSR引物有效性检测 |
| 3.4.1 PCR反应程序 |
| 3.4.2 聚丙烯酰胺凝胶电泳检测 |
| 3.4.3 毛细管电泳检测 |
| 3.5 研究结果 |
| 3.5.1 构建完成文库PCR产物的测序及质控 |
| 3.5.2 简化基因组拼接结果 |
| 3.5.3 SSR分析及引物设计结果 |
| 3.5.4 SSR引物有效性检测结果 |
| 3.6 讨论 |
| 4 生境片段化对网梨须步甲遗传多样性的影响 |
| 4.1 采样及样地的选取 |
| 4.2 网梨须步甲引物筛选方法 |
| 4.3 数据分析方法 |
| 4.3.2 微卫星位点遗传参数及网梨须步甲遗传多样性检测 |
| 4.3.3 网梨须步甲物种遗传距离及种群聚类分析 |
| 4.3.4 斑块特征对网梨须步甲遗传多样性的影响 |
| 4.4 研究结果 |
| 4.4.1 SSR引物及构建数据矩阵 |
| 4.4.2 微卫星位点的遗传参数 |
| 4.4.3 千岛湖网梨须步甲的遗传参数 |
| 4.4.4 千岛湖网梨须步甲种群遗传距离及聚类分析 |
| 4.4.5 千岛湖网梨须步甲岛屿与大陆种群遗传多样性的比较 |
| 4.4.6 千岛湖网梨须步甲遗传多样性与岛屿空间特征的关系 |
| 4.5 讨论 |
| 5 结论、展望与创新点 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 展望 |
| 5.3 创新点 |
| 参考文献 |
| 作者简历 |
（8）分子标记技术在獐牙菜属植物研究中的应用进展（论文提纲范文）
| 1 RAPD技术在獐牙菜属植物研究中的应用 |
| 2 AFLP技术在獐牙菜属植物研究中的应用 |
| 3 SSR技术在獐牙菜属植物研究中的应用 |
| 4 ISSR技术在獐牙菜属植物研究中的应用 |
| 5 DNA条形码技术在獐牙菜属植物研究中的应用 |
| 6 结语与展望 |
| 6.1 结语 |
| 6.2 展望 |
（9）微卫星DNA标记开发技术进展及其在经济植物研究中的应用（论文提纲范文）
| 1 基于新一代测序技术的微卫星开发策略 |
| 2 微卫星标记在经济植物研究中的应用进展 |
| 2.1 农作物 |
| 2.2 药用植物 |
| 2.3 林园和观赏植物 |
| 3 基于高通量测序技术微卫星标记的问题与前景 |
（10）不同产地的杜仲遗传多态性及杜仲叶活性成分含量研究（论文提纲范文）
| 英文缩略词 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 引言 |
| 第一章 杜仲试验样品采集及SSR-PCR反应体系的建立 |
| 1 材料 |
| 1.1 不同产地样品采集 |
| 1.2 仪器 |
| 1.3 试药 |
| 2 方法与结果 |
| 2.1 杜仲叶基因组DNA的提取 |
| 2.2 SSR-PCR基本反应体系组成及扩增程序 |
| 2.3 单因素试验考察 |
| 2.4 正交试验 |
| 2.5 退火温度优化 |
| 2.6 SSR-PCR反应体系的稳定性检测 |
| 3 分析与讨论 |
| 第二章 SSR标记引物的筛选及杜仲遗传多态性与亲缘关系分析 |
| 1 材料 |
| 1.1 仪器 |
| 1.2 试药 |
| 2 方法与结果 |
| 2.1 杜仲叶基因组DNA的提取 |
| 2.2 引物筛选 |
| 2.3 PCR扩增及产物检测 |
| 2.4 数据统计分析 |
| 3 分析与讨论 |
| 第三章 不同产地杜仲叶活性成分含量研究 |
| 1 材料 |
| 1.1 仪器 |
| 1.2 试药 |
| 2 方法与结果 |
| 2.1 色谱条件 |
| 2.2 样品溶液的制备 |
| 2.3 方法学验证 |
| 2.4 样品含量测定 |
| 2.5 聚类分析 |
| 3 分析与讨论 |
| 3.1 提取方法及溶剂的选择 |
| 3.2 色谱条件的确定 |
| 3.3 含量测定结果分析 |
| 第四章 总结与展望 |
| 1 总结 |
| 2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录1 综述：微卫星标记技术及其在植物研究中的应用 |
| 参考文献 |
| 附录2 攻读硕士学位期间参与科研项目及发表论文情况 |
四、微卫星标记的发展及植物研究中的应用（论文参考文献）
- [1]松嫩平原羊草叶色渐变群遗传多样性及其分化机制研究[D]. 郭健. 东北师范大学, 2020(04)
- [2]基于转录组SSR、SNP标记的苦玄参遗传多样性及有效成分关联位点分析[D]. 闫国跃. 中央民族大学, 2020
- [3]萼花臂尾轮虫野外群体遗传多样性的研究[D]. 张吉. 大连海洋大学, 2019(03)
- [4]基于微卫星标记对南海珊瑚群体遗传学的研究[D]. 罗燕秋. 广西大学, 2019(12)
- [5]基于微卫星标记的羊草基因型分型研究[D]. 王艺诺. 辽宁大学, 2019(01)
- [6]微卫星标记在凡纳滨对虾遗传背景及抗WSSV性能分析中的应用[D]. 方振朋. 上海海洋大学, 2019(03)
- [7]千岛湖片段化景观中网梨须步甲遗传多样性及其影响因素研究[D]. 周文婕. 中国计量大学, 2018(02)
- [8]分子标记技术在獐牙菜属植物研究中的应用进展[J]. 杨春芳,曾阳,郭凤霞,王文颖,李锦萍,刘力宽. 中草药, 2017(15)
- [9]微卫星DNA标记开发技术进展及其在经济植物研究中的应用[J]. 王娟娟,赵明,韩雨威,吴蒙蒙,刘瑞振,沈超,祁哲晨. 生命科学研究, 2016(03)
- [10]不同产地的杜仲遗传多态性及杜仲叶活性成分含量研究[D]. 糜亚男. 湖南中医药大学, 2015(07)