一、花鲢的DNA指纹分析（论文文献综述）
许梦婕[1]（2019）在《大众淡水鱼中霍乱弧菌的毒性，抗性和遗传多样性及其可视化检测方法的研究》文中提出霍乱弧菌（Vibrio cholerae）是人类烈性传染性疾病“霍乱”的致病菌。该菌广泛存在于近岸海域、河口、养殖水域等环境。持续监测水产品中霍乱弧菌污染,对于保障食品安全具有重要意义。然而,涉及淡水鱼中霍乱弧菌的污染情况,国内外的研究报道较少。首先,本研究以我国大众淡水鱼为研究对象,即鲫鱼（Carassius auratus）、花鲢（Aristichthys nobilis）、鳊鱼（Parabramis pekinensis）和草鱼（Ctenopharyngodon idellus）,分析了2017年8月从上海市最大的水产品市场采集样品中霍乱弧菌的污染情况,其中,花鲢和鳊鱼中的霍乱弧菌是本文首次研究报道。我们分离、鉴定、随机挑取了400株霍乱弧菌（每种鱼各100株）,测定了其毒力、抗菌素和重金属抗性,以及遗传多样性。研究结果显示:400株受试菌株均不含有霍乱毒素（cholera toxin,CT）、毒力共协调菌毛（toxin-coregulated pilus,TCP）、小带联结毒素（zona occludens toxin,ZOT）和辅助霍乱肠毒素（accessory cholera enterotoxin,ACE）的编码基因ctxAB、tcpA、zot和ace;IV型菌毛（putative type IV pilus）、甘露糖敏感血凝素菌毛（mannose-sensitive hemagglutination pili）的编码基因的检出率也极低（pilA:0.8%;mshA:0.8%）;然而,RTX（repeat in toxin,RTX）、El Tor溶血素（hemolysin,HlyA）、不耐热溶血素（thermolabile hemolysin,TLH）和血凝素蛋白酶（haemagglutinin protease）的编码基因rtxA-D（83.0%97.0%）、hlyA（87.8%）、tlh（76.0%）、hapA（95.0%）的检出率较高。受试的400株霍乱弧菌对六大类十种抗菌素的耐药性存在显着差异,其中链霉素的耐药率最高（65.3%）,其次为氨苄西林（44.5%）和利福平（24.0%）;卡那霉素、利福平和四环素的中介耐药率分别为72.3%、39.5%和34.3%;庆大霉素、氯霉素和壮观霉素的敏感率分别为98.3%、98.0%和95.0%;30.5%的受试菌株检测为多重耐药（Multidrug resistant,MDR）表型,且具有42种不同的抗菌素抗性谱;来源于四种鱼类的霍乱弧菌的多重耐药指数（multiple antimicrobial resistance index,MARI）具有显着差异（p=0.001）。本文还首次测定了四大淡水鱼中霍乱弧菌的重金属耐受性。研究结果显示,约49.3%、30.3%和12.0%的受试菌株分别对重金属汞(Hg2+)、锌(Zn2+)和铅(Pb2+)具有高度耐受性。此外,运用ERIC-PCR（enterobacterial repetitive intergenic consensus-polymerase chain reaction）技术,分析并获得了受试菌株的DNA指纹图谱,发现400株霍乱弧菌分为328个ERIC基因型,表明大众淡水鱼中霍乱弧菌具有高度的遗传多样性。其次,基于环介导等温扩增（Loop-Mediated Isothermal Amplification,LAMP）技术,本研究建立、优化并评价了霍乱弧菌毒力相关基因（hapA、hlyA、mshA、pilA、rtxA和tlh基因）的快速、灵敏、特异、经济、可视化的检测方法。其中,hapA、mshA、pilA和tlh基因的LAMP检测是本文首次研究报道。针对上述六个毒力相关基因,我们分别设计了3对引物,即内引物（inner primers）、外引物（outer primers）和环引物（loop primers）。研究结果显示,最适LAMP反应体系包含1.6μmol/L内引物（FIP和BIP）,0.05μmol/L外引物（F3和B3）,0.2μmol/L环引物（LF和LB）,6mmol/L Mg2+,1.0 mmol/L dNTP（deoxynucleotide triphosphates）,8 U Bst DNA聚合酶,以及2μL DNA模板。反应温度为恒温65°C,反应时间为50 min。LAMP反应结果通过肉眼在可见光或紫外光（302 nm）下判读。以钙黄绿素为显色剂,阳性结果呈绿色,阴性结果为橙黄色。针对霍乱弧菌纯培养物,hapA、hlyA、mshA、pilA、rtxA和tlh基因的LAMP检测灵敏度分别为0.93、14.38、10.92×102、12.77×102、14.38×102和14.38 CFU/mL（菌落形成单位,colony-forming units）,其灵敏度是普通PCR方法的10105倍;针对霍乱弧菌基因组DNA,上述基因的LAMP检测灵敏度分别为0.17 fg/μL、14.77 fg/μL、14.07 fg/μL、13.13 fg/μL、1.48 pg/μL和0.15pg/μL,其灵敏度是PCR方法的10104倍;针对人工污染鱼肉样品,上述基因的LAMP检测灵敏度分别为7.54、7.54×102、9.77×103、4.85×103、7.54×105、7.54×103CFU/mL,其灵敏度是PCR方法的10104倍。综上所述,本文研究结果不仅为我国水产食品安全风险评估提供了有用的数据,而且为水产品中霍乱弧菌的快速、可视化检测提供了技术支撑。
杨新龙[2]（2013）在《尖边扁脑珊瑚微卫星引物开发及相近种群体遗传多样性分析》文中研究指明为了科学的评价和保护造礁石珊瑚种质资源，本研究利用微卫星DNA标记技术，采用磁珠富集法分离尖边扁脑珊瑚微卫星序列，设计合成18对微卫星引物，使用这些引物对尖边扁脑珊瑚、精巧扁脑珊瑚、角蜂巢珊瑚和澄黄滨珊瑚4种造礁石珊瑚群体进行分析，结果如下：1．采用磁珠富集法筛选尖边扁脑珊瑚微卫星文库，挑取克隆328个，经菌液PCR检验，其中88个为阳性克隆。经测序18个含有微卫星序列，其中完美型12个（66.67%），非完美型3个（16.67%），复合型3个（16.67%）。2．根据微卫星序列，设计合成18对微卫星引物，对4种造礁石珊瑚群体进行引物适用性分析，其中10对引物适用于尖边扁脑珊瑚，11对引物适用于精巧扁脑珊瑚，9对引物适用于角蜂巢珊瑚，7对引物适用于澄黄滨珊瑚。3．尖边扁脑珊瑚、精巧扁脑珊瑚、角蜂巢珊瑚、澄黄滨珊瑚群体的多态信息含量（PIC）分别为0.5168、0.4250、0.5286、0.3409；平均期望杂合度（He）分别为0.6667、0.6042、0.5972、0.4702，平均观测杂合度（Ho）分别为0.5783、0.4781、0.5686、0.4474；平均有效等位基因数（Ne）分别为2.7112、2.5376、2.6860、2.0081。综合比较后推断：尖边扁脑珊瑚和角蜂巢珊瑚遗传多样性较丰富，精巧扁脑珊瑚与澄黄滨珊瑚遗传多样性处于中等水平。
冯娜娜[3]（2013）在《拟穴青蟹基于转录组的分子标记筛选与遗传规律分析》文中提出拟穴青蟹（Scylla paramamosain）隶属于甲壳纲（Crustacea）、十足目（Decapoda）、短尾亚目（Brachyura）、梭子蟹科（Portunidae）、青蟹属（Scylla），广泛分布在我国东南沿海水域。近年来随着拟穴青蟹养殖规模的不断扩大，对拟穴青蟹苗种的需求量逐渐增大，因此对拟穴青蟹优良品种的选育就显得非常重要，而分子标记的开发是拟穴青蟹品种选育和遗传规律研究的基础。本研究基于454高通量转录组测序开发拟穴青蟹微卫星标记，以及采用溶解曲线法开发拟穴青蟹转录组水平SNPs标记；根据已分离的微卫星序列获得多态性引物155对，并以中国海南拟穴青蟹家系为研究材料，对拟穴青蟹遗传规律进行分析。获得的实验结果如下：1．随机从拟穴青蟹转录组高通量测序所得的大量序列中选取含有微卫星的DNA序列，利用Primer Premier5.0软件共设计引物263对，其中67对表现出多态性。这67对微卫星引物共检测到556个等位基因，每个位点的等位基因数位227，平均等位基因数为8.3个。有效等位基因为1.319.7，平均为5.1；多态信息含量（PIC）、观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）分别位于0.2150.946之间、0.18881.000之间和0.2300.963之间，平均值分别为0.899、0.703和0.736。经Bonferroni校正后，有10个位点偏离了哈代-温伯格平衡（PH-W<0.0007）。这一结果表明，67个SSR标记具有较高的多态信息含量，用于拟穴青蟹群体遗传学多样性研究具有一定的可靠性和可信性。2.本研究根据454高通量测序所获得的拟穴青蟹转录组候选SNP序列设计引物，并采用荧光定量PCR系统对拟穴青蟹的SNPs位点进行分型验证。通过对候选的序列进行测序、拼接，获得包含91个候选SNP位点的19个序列，全长为13311bp，平均每146bp含有一个SNP位点。采用溶解曲线法对野生群体的30个样本进行分型，其中40个SNP位点被成功分型，次要等位基因频率的分布范围在0.017和0.500之间。观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）分别为0.0000.600和0.0330.509，平均值分别为0.142和0.239。通过哈-温平衡和连锁不平衡检测，17个SNP位点偏离哈代-温伯格平衡。经Bonferroni校正后，各位点之间没有明显的连锁不平衡现象（P>0.00125）。BLAST比对结果显示：17个SNP位点位于注释基因序列中，这些基因包括精氨酸激酶基因（arginine kinase）、金属硫蛋白（metallothionein）、类胰蛋白酶基因（trypsin-like （TRY3） gene）、β-肌动蛋白基因（beta-actin gene）、vasa-like蛋白基因。这些SNP标记将为拟穴青蟹群体遗传多样性分析、连锁图谱构建以及分子标记遗传育种提供新型分子标记。3.采用155对微卫星标记对拟穴青蟹作图家系进行遗传规律分析，其中49对微卫星标记在家系中出现分离。利用这49对微卫星标记对亲本和95个子代进行基因分型，结果表明：在雌雄亲本中无多态性而在后代中出现分离的标记有11个（亲本基因型为AB×AB），这些位点不能用于标记的连锁分析；母本分离标记有34个，其中8个偏离了孟德尔分离规律（P<0.05），3个严重偏离；父本分离标记有31个，其中9个偏离了孟德尔分离规律（P<0.05），5个严重偏离；在父母本中均出现分离的标记有27个。利用JoinMap软件对父、母本分离标记进行分析结果显示，在雌性标记的连锁分析中，仅有6个标记呈现连锁现象，而在雄性中，有9个标记呈现连锁现象。这一结果旨在为初步构建拟穴青蟹遗传连锁图谱、QTL定位和分子标记辅助育种奠定基础。
于海静[4]（2013）在《三种鳜的SSR标记开发及遗传多样性研究》文中研究指明本研究在实验室已有的转录组结果的基础上，从测序结果中随机选出部分微卫星位点进行多态性研究，并利用其中25个具有多态性的SSR（Simple Sequence Repeat）位点，对采自陆水水库的三个鳜属物种斑鳜、翘嘴鳜和大眼鳜共82个个体进行遗传多样性研究，分析其遗传结构和亲缘关系。实验结果如下：1、本研究从转录组测序结果随机选取其中部分位点进行多态性检测，共检测到25个微卫星位点具有多态性。2、25个微卫星位点中共检测到五个斑鳜特异性位点：JX867979、JX867984、JX868000、JX867980和JX867991（GeneBank登录号）。3、25个微卫星位点在三个群体中共检测到169个等位基因，平均每个位点为6.76个，数目最少的位点是JX867980，为3个，最多的位点是JX867998，为16个。4、哈迪-温伯格平衡显示，除了斑鳜群体在位点JX867981、JX867985、JX867986和JX867987上以及翘嘴鳜群体在位点JX867985和JX868000上偏离之外，其余位点均处于遗传平衡状态。5、三个鳜群体间的杂合度在0.5518～0.6233之间，多态信息含量在0.6414～0.6914之间，香农指数均大于0.05。6、斑鳜和大眼鳜间Nei氏遗传距离最大，为1.7734；翘嘴鳜和大眼鳜的遗传距离最小，为0.3714。根据遗传距离进行的UPMEGA法聚类分析显示翘嘴鳜和大眼鳜聚为一支，斑鳜独自为一支。
黎玉元,姚一彬,孙念[5]（2013）在《微卫星分子标记技术及其在水产动物研究中的应用》文中研究表明微卫星分子标记与普通分子标记相比,它具有更多的优点,因其重复性好,多态性高,含量丰富且呈共显性遗传的特点,已成为目前最受欢迎的分子标记之一,并且得到了广泛应用。本文结合国内外的研究,主要对微卫星的形成机理、特点,以及在水产动物中的应用等方面进行综述,并对其前景进行了展望。
刘伟[6]（2011）在《微卫星标记与3个鲤群体生长性状的相关分析》文中认为鲤（Cyprinus carpio）是世界上养殖范围最广的重要经济鱼类,在我国的淡水渔业生产中占据着重要地位,其中建鲤（Cyprinus carpio var. jian）、黄河鲤（Cyprinus carpio haematopterus Temminck et Schlegel）和黑龙江野鲤（Cyprinus carpio haematopterus）都是我国较重要的鲤鱼养殖品种。但近年来的鲤养殖生产中,生长缓慢、产量下降和抗病力差等性状衰退现象变得越来越突出。因此,对鲤进行遗传选育、种质资源的鉴定和遗传资源的保护具有重要的意义。本研究分别从表型水平和分子水平上对黄河鲤、建鲤和黑龙江野鲤3个鲤群体进行分析,为可持续地保护物种种质资源和遗传改良工作提供了遗传学方面的依据。同时,进一步分析了微卫星标记与鲤体重、体长、体厚和体高性状的相关性,为开发和利用鲤群体的分子标记奠定了一定的基础。本研究首先利用相关分析和聚类分析对建鲤、黄河鲤和黑龙江野鲤3个鲤群体不同养殖时间的体型性状进行分析。相关分析结果显示：在90天时,黄河鲤种群的体长性状与体重的相关系数最高,但在继续养殖150天后,体长和体高间的相关性较大。建鲤种群在不同时期的相关性分析结果,与黄河鲤种群的类似。而在90天时测量的黑龙江野鲤种群中,体高与体长的相关系数是0.686,其余各生长性状间的相关性均大于0.800；240天时测量的各生长性状间的相关系数较分散。然后,基于曼哈顿距离对不同日龄的3个鲤鱼种群进行聚类分析,发现90d和240天时聚类结果相同,黄河鲤与黑龙江野鲤首先聚为一支,再与建鲤进行聚类。在分子水平上,采用微卫星标记技术,对这3个鲤鱼种群进行遗传多样性分析。结果表明,筛选出15对多态性较好的引物,共检测出214个等位基因。黄河鲤、建鲤和黑龙江野鲤群体的平均有效等位基因数分别为3.4800、3.6133和3.4533；平均观测杂合度分别为0.7482、0.7643和0.7671；平均多态信息含量为0.6464、0.6468和0.6473。可见3个鲤群体的遗传多样性水平较高。遗传相似度和遗传距离结果表明,黄河鲤和黑龙江野鲤群体亲缘关系较近,与建鲤亲缘关系较远,为鲤品种的选育和遗传改良提供了理论依据。为了进一步研究上述的微卫星标记与鲤生长性状的相关性,所以又用SAS的一般线性模型（GLM）对15个微卫星标记与3个鲤群体的生长性状进行关联性分析。结果表明：Mfw5与黄河鲤的体高相关（P<0.05）。HLj013、CcaO9、Mfw7和Mfw29均与建鲤的体重、体长和体高均相关（P<0.05）; Mfw2与建鲤的体重和体厚相关（P<0.05）。Mfw6与黑龙江野鲤的体重、体长、体厚和体高均相关（P<0.05）；Mfw4与黑龙江野鲤的体重、体长和体高相关（P<0.05）；Mfw11与黑龙江野鲤的体厚和体高相关（P<0.05）。然后,在对同一性状不同基因型间进行多重比较,初步找到了3个群体中与生长性状相关的基因型,为鲤的分子标记辅助选育和重要生长性状QTL定位提供了一定的依据。
颜庆云,余育和,张堂林,冯伟松,李学梅[7]（2009）在《滤食性鲢、鳙肠含物PCR-DGGE指纹分析》文中提出以采自武汉东湖的滤食性鲢、鳙为对象,通过PCR-DGGE并结合序列分析对其肠道微生物及肠含物中残留的食物组分进行了探索研究。在所有个体中都能检测到不同的PCR-DGGE指纹谱带,其中包括肠道细菌在内的原核谱带较多,真核谱带相对较少;分析结果表明针对鲢、鳙肠含物这一特殊生境样品进行PCR-DGGE指纹分析是可行的。PCR-DGGE指纹结构及针对部分特定PCR-DGGE谱带的序列分析显示,从武汉东湖采集的鲢、鳙在食性上存在很大的重叠,并没有像基于常规食性分析文献报道的那样明显不同。基于肠含物DNA来进行鱼类食性分析的方法不受对食物碎片分类鉴定的制约,可同时对多个样品平行进行分析,且不同研究者间的研究结果便于进行比较,以便总结生态学的内在规律。
陈万光,贾晓慧[8]（2009）在《微卫星标记在水产动物遗传研究方面的应用》文中提出微卫星标记具有分布广、多态性高、数量丰富、等位基因检测方便等优点,在亲缘关系分析、种质资源鉴定、物种遗传多样性检测等方面被研究者广泛采用。笔者简要介绍了微卫星标记在水产动物遗传方面的研究进展,以期为水产动物遗传研究提供参考。
宋来鹏,刘萍,李健,刘振辉[9]（2008）在《三疣梭子蟹基因组小卫星特征分析》文中研究表明通过构建三疣梭子蟹部分基因组文库,对获得的4164个克隆测序,共获得总长度为622409bp的DNA序列。在序列拼接后长度5001500bp的709个克隆中,筛选到130个小卫星序列,其序列总长度占测序序列总长度的2.55%。小卫星序列中,以12bp重复单位的序列数量最多（10.77%）,总体趋势表现为重复单位越长,相应的重复序列数目越少（R=-0.663,P<0.01）。小卫星重复单位拷贝数分布范围以8bp重复单位最广为3.966.5;其次是13bp重复范围在2.040.6;再次是26bp重复,范围在2.321.0。平均拷贝数最高的三种重复类型分别为8bp重复（19.96）,25bp重复（16.00）和22bp重复（15.85）。小卫星序列中各重复单位的拷贝数分布范围266.5,集中分布在225,且表现为拷贝数目越大,其相应的重复序列数目越低的趋势。130个重复序列分别由123种重复单位所组成,因而小卫星重复序列的类型很多。初步分成三类:2种碱基组成类别、3种碱基组成类别和4种碱基组成类别,并进一步根据各个重复序列中所含有的碱基种类的数量从大到小排列这些碱基而分成若干小类。从这些分类中可以看出,三疣梭子蟹基因组中的小卫星整体上是富含A/T的重复序列,并揭示了其与微卫星重复序列之间的关系,即一部分小卫星重复序列可能起源于微卫星序列。
宋来鹏[10]（2008）在《三疣梭子蟹基因组串联重复序列分析及微卫星标记的初步筛选》文中提出本文构建了三疣梭子蟹部分基因组文库,对片段长度为5001500bp的4164个克隆进行测序,在此基础上分析了微卫星和小卫星在基因组上的分布特征。利用筛选的含有微卫星的克隆序列,设计出30对微卫星引物,并筛选出了9对多态性引物。对三疣梭子蟹部分基因组DNA文库测序,获得了总长度622 409个碱基的基因组DNA序列,从中找到微卫星重复序列（1-6bp重复）697个。统计微卫星重复类型,以两碱基重复数目最多,为445个,占微卫星序列总数目的63.84 %;其次是三碱基,152个,占21.81%;再次分别是单碱基,45个,占6.46%;四碱基,31个,占4.45%;五碱基,14个,占2.01%;六碱基,10个,占1.43%。在单碱基重复类型中,重复拷贝类别全部为A;两碱基重复类型中,AG重复数目最多,其次是AC和AT;三碱基重复类型中以ACT最多,其次是AGG和AAT;四碱基重复类型中, AGAC重复数目最多;五碱基重复类型中,以AACCT重复拷贝类别最多;六碱基重复中以AGGGGA重复数目最多。GC重复拷贝类别的重复数目很少,只发现1个（注册号为EU113241）。在序列拼接后长度500～1500bp的709个克隆中,筛选到130个小卫星序列,其序列总长度占测序序列总长度的2.55%。小卫星序列中,以12bp重复单位的序列数量最多（10.77%）,总体趋势表现为重复单位越长,相应的重复序列数目越少（R=-0.663,p<0.01）。小卫星重复单位拷贝数分布范围以8bp重复单位最广为3.9～66.5;其次是13bp重复范围在2.0～40.6;再次是26bp重复,范围在2.3～21.0。平均拷贝数最高的三种重复类型分别为8bp重复（19.96）,25bp重复（16.00）和22bp重复（15.85）。小卫星序列中各重复单位的拷贝数分布范围2～66.5,集中分布在2～25,且表现为拷贝数目越大,其相应的重复序列数目越低的趋势。130个重复序列分别由123种重复单位所组成,因而小卫星重复序列的类型很多。我们初步分成三类:两种碱基组成类别、三种碱基组成类别和四种碱基组成类别,并进一步根据各个重复序列中所含有的碱基种类的数量从大到小排列这些碱基而分成若干小类。从这些分类中可以看出,三疣梭子蟹基因组中的小卫星整体上是富含A/T的重复序列,并揭示了其与微卫星重复序列之间的关系,即一部分小卫星重复序列可能起源于微卫星序列。对蟹类微卫星分离方法、引物设计、遗传学特性以及在种群遗传、家系分析、遗传多样性评价等方面的最新研究进展进行了综述,并分析了微卫星分析中无效等位基因（null allele）、“结巴”带（stutter bands）和上游等位基因“扩增丢失”现象（upper allelic dropout）的产生原因以及对微卫星基因型判读带来的影响。根据建立的三疣梭子蟹部分基因组文库,筛选其中含有微卫星序列的克隆设计引物。在709个克隆测序序列中,找到包含完整侧翼序列（长度大于50bp）的重复序列,设计了30对微卫星引物,从中筛选出了9对微卫星多态性引物。
二、花鲢的DNA指纹分析（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、花鲢的DNA指纹分析（论文提纲范文）
（1）大众淡水鱼中霍乱弧菌的毒性，抗性和遗传多样性及其可视化检测方法的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 引言 |
| 1.1 霍乱弧菌的生物学特性与危害 |
| 1.2 我国淡水鱼类水产品生产现状 |
| 1.3 水产养殖生态环境的污染情况 |
| 1.4 微生物快速检测技术研究进展 |
| 1.5 本文研究目的及意义 |
| 第二章 大众淡水鱼中霍乱弧菌的分离、鉴定和毒性研究 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 主要材料 |
| 2.1.2 主要仪器 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 样品的采集 |
| 2.2.2 霍乱弧菌的分离与鉴定 |
| 2.2.3 霍乱弧菌毒力和毒力相关基因的检测 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 霍乱弧菌的分离与鉴定 |
| 2.3.2 霍乱弧菌在四种大众淡水鱼中的分布情况 |
| 2.3.3 霍乱弧菌分离菌株的毒性 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 大众淡水鱼中霍乱弧菌的抗菌素和重金属抗性及其遗传多样性研究 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 主要试剂 |
| 3.1.2 主要仪器 |
| 3.1.3 菌株来源 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.2.1 抗菌素敏感性检测 |
| 3.2.2重金属耐受性实验 |
| 3.2.3 霍乱弧菌分离株的ERIC-PCR分子分型 |
| 3.2.4 统计方法 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 霍乱弧菌分离株的抗菌素敏感性 |
| 3.3.2 霍乱弧菌分离株的重金属耐受性 |
| 3.3.3 霍乱弧菌分离株的遗传多样性 |
| 3.3.4 霍乱弧菌分离株多重耐药性与重金属耐受性 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 霍乱弧菌毒力相关基因的可视化LAMP检测方法的研究 |
| 4.1 实验材料 |
| 4.1.1 主要试剂 |
| 4.1.2 主要仪器 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 实验菌株和培养条件 |
| 4.2.2 DNA的提取 |
| 4.2.3 LAMP引物的设计 |
| 4.2.4 MnCl_2-calcein显色剂的配制 |
| 4.2.5 LAMP反应条件的优化 |
| 4.2.6 LAMP方法的特异性和灵敏度 |
| 4.2.7 LAMP方法对人工污染鱼肉样品检测的灵敏度 |
| 4.2.8 PCR方法 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 LAMP反应条件的优化 |
| 4.3.1.1 Mg2+浓度的优化 |
| 4.3.1.2 dNTP浓度的优化 |
| 4.3.1.3 Bst DNA聚合酶浓度的优化 |
| 4.3.1.4 反应温度的优化 |
| 4.3.1.5 反应时间的优化 |
| 4.3.1.6 LF与 LB引物的作用 |
| 4.3.1.7 F3与B3 引物浓度的优化 |
| 4.3.1.8 LF与 LB引物浓度的优化 |
| 4.3.1.9 FIP与 BIP引物浓度的优化 |
| 4.3.2 LAMP方法的特异性 |
| 4.3.3 LAMP方法的灵敏度 |
| 4.3.4 LAMP方法对人工污染鱼肉样品检测的灵敏度 |
| 4.4 讨论 |
| 第五章 全文总结 |
| 第六章 展望和不足 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间的学术成果 |
| 附录 |
| 英文缩略语索引 |
| 致谢 |
（2）尖边扁脑珊瑚微卫星引物开发及相近种群体遗传多样性分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 1 前言 |
| 1.1 珊瑚 |
| 1.1.1 珊瑚概述 |
| 1.1.2 珊瑚分类 |
| 1.2 珊瑚礁 |
| 1.2.1 珊瑚礁概述 |
| 1.2.2 珊瑚礁的分布 |
| 1.2.3 我国珊瑚礁资源 |
| 1.2.4 徐闻珊瑚礁概况 |
| 1.3 微卫星标记 |
| 1.3.1 微卫星标记概述 |
| 1.3.2 微卫星标记的特点 |
| 1.3.3 微卫星标记的获得途径 |
| 1.3.4 微卫星标记的应用 |
| 1.4 造礁石珊瑚群体遗传多样性研究进展 |
| 1.4.1 造礁石珊瑚分子系统进化研究 |
| 1.4.2 AFLP 分子标记研究进展 |
| 1.4.3 RAPD 分子标记研究进展 |
| 1.4.4 造礁石珊瑚微卫星标记研究 |
| 1.5 本研究的目的和内容 |
| 2 尖边扁脑珊瑚微卫星引物的开发 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验样品采集 |
| 2.1.2 实验仪器设备 |
| 2.1.3 主要试剂及药品 |
| 2.2 研究方法 |
| 2.2.1 DNA 提取步骤 |
| 2.2.2 尖边扁脑珊瑚微卫星基因组文库的构建与筛选 |
| 2.2.3 尖边扁脑珊瑚微卫星序列分析及引物设计 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 基因组 DNA 酶切结果 |
| 2.3.2 尖边扁脑珊瑚微卫星基因组文库的构建与筛选 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 基因组提取及酶切 |
| 2.4.2 微卫星富集方法的选用 |
| 3 4种造礁石珊瑚群体遗传多样性分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验样品采集 |
| 3.1.2 实验仪器设备 |
| 3.1.3 主要试剂及药品 |
| 3.2 研究方法 |
| 3.2.1 DNA 提取步骤 |
| 3.2.2 对 4 种造礁石珊瑚群体进行 PCR 扩增及检测 |
| 3.2.3 4种造礁石珊瑚微卫星引物多态性分析与群体检测 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 基因组 DNA 检测结果 |
| 3.3.2 4种造礁石珊瑚微卫星位点电泳检测结果 |
| 3.3.3 4种造礁石珊瑚引物适用性分析结果 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 采样过程对遗传多样性参数的影响 |
| 3.4.2 造礁石珊瑚基因组 DNA 提取 |
| 3.4.3 微卫星位点的选择 |
| 3.4.4 尖边扁脑珊瑚微卫星引物对 4 种造礁石珊瑚适用性分析 |
| 3.4.5 4种造礁石珊瑚群体遗传多样性评估 |
| 3.4.6 造礁石珊瑚遗传资源的保护 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 导师简介 |
（3）拟穴青蟹基于转录组的分子标记筛选与遗传规律分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1 分子标记简介 |
| 1.1 SSR |
| 1.2 AFLP |
| 1.3 SNP |
| 2 微卫星分子标记的筛选方法 |
| 2.1 经典法 |
| 2.2 省略筛选法 |
| 2.3 富集法 |
| 2.4 数据库查找法 |
| 2.5 跨种扩增法 |
| 3 SNP 标记的发掘与鉴定 |
| 3.1 基于分子杂交的方法 |
| 3.2 基于 PCR 和酶切的方法 |
| 3.3 以构想为基础的方法 |
| 3.4 直接测序法 |
| 4 微卫星标记和 SNP 标记在水产生物连锁图谱中的应用 |
| 4.1 微卫星标记在水产生物连锁图谱中的应用 |
| 4.2 SNP 标记在水产生物连锁图谱中的应用 |
| 5 拟穴青蟹的研究现状 |
| 5.1 拟穴青蟹简介 |
| 5.2 拟穴青蟹国内外研究现状分析 |
| 5.3 拟穴青蟹分子标记开发方面的研究 |
| 6 研究目的和意义 |
| 7 创新之处 |
| 第二章 拟穴青蟹微卫星标记的开发 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 溶液的配制 |
| 2.3 实验方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 多态性微卫星引物的筛选 |
| 3.2 微卫星位点的多态性分析 |
| 4 讨论 |
| 第三章 拟穴青蟹转录组水平 SNPs 标记的开发 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验所用的试剂 |
| 2.3 基因组 DNA 的提取 |
| 2.4 SNPs 的发掘 |
| 2.6 SNP 分型 |
| 2.7 数据分析 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 SNP 标记发掘 |
| 3.2 SNPs 的多态性 |
| 4 讨论 |
| 第四章 拟穴青蟹分子标记的遗传规律分析 |
| 1 引言 |
| 2 实验材料和方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 模板 DNA 的制备 |
| 2.3 微卫星的筛选和 PCR 扩增 |
| 2.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳及显色 |
| 2.5 微卫星标记基因分型 |
| 2.6 微卫星标记的连锁分析 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 SSR 扩增结果与标记的分离 |
| 3.2 微卫星标记的连锁分析 |
| 4 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 在学期间的科研情况 |
| 致谢 |
（4）三种鳜的SSR标记开发及遗传多样性研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 目录 |
| 1 前言 |
| 1.1 群体遗传学 |
| 1.2 鳜类研究概况 |
| 1.3 微卫星分子标记及其在鱼类研究中的应用 |
| 1.4 转录组测序及其应用 |
| 1.5 研究的目的和意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 方法 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 杂交鳜转录组测序结果 |
| 3.2 三种鳜的 DNA 提取结果 |
| 3.3 微卫星 PCR 扩增结果 |
| 3.4 PCR 产物聚丙烯酰胺凝胶电泳结果 |
| 3.5 遗传多样性分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 微卫星分子标记的筛选 |
| 4.2 斑鳜特异性位点 |
| 4.3 哈迪-温伯格平衡分析 |
| 4.4 群体遗传多样性分析 |
| 4.5 三个鳜野生群体的亲缘关系 |
| 4.6 关于 SSR 位点的选择 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 已发表文章 |
| 致谢 |
（5）微卫星分子标记技术及其在水产动物研究中的应用（论文提纲范文）
| 1 微卫星形成的机理 |
| 2 微卫星分子标记的特点 |
| 2.1 分析操作简单易行 |
| 2.2 丰富的多态性 |
| 2.3 样品需要量极少 |
| 2.4 引物的通用性 |
| 3 微卫星标记在水产动物中的应用 |
| 3.1 制作DNA指纹图 |
| 3.2 物种遗传多样性检测及鉴定 |
| 3.3 基因遗传图谱构建 |
| 3.4 家养群体与野生群体遗传差别 |
| 3.5 管理和保护濒危物种 |
| 4 结语与展望 |
（6）微卫星标记与3个鲤群体生长性状的相关分析（论文提纲范文）
| 目录 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1 鱼类育种技术概况 |
| 1.1 选择育种 |
| 1.2 杂交育种 |
| 1.3 诱变育种 |
| 1.4 细胞工程育种 |
| 1.5 分子育种 |
| 2 微卫星分子标记技术 |
| 2.1 微卫星标记的定义和形成机制 |
| 2.2 微卫星标记的类型和特点 |
| 2.3 微卫星标记在鱼类遗传育种研究中的应用 |
| 2.3.1 物种遗传多样性研究 |
| 2.3.2 群体的遗传结构及种群亲缘关系的研究 |
| 2.3.3 遗传图谱的构建研究 |
| 2.3.4 数量性状定位研究 |
| 2.3.5 DNA指纹图谱的研究 |
| 2.3.6 鱼类种质资源的保护 |
| 第二章 3个鲤群体不同日龄生长性状相关及聚类分析 |
| 1 前言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.3 数据处理与分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 3个鲤群体不同日龄的生长性状的描述统计 |
| 3.2 3个鲤群体不同日龄的生长性状间的相关性分析 |
| 3.3 3个鲤群体不同日龄的生长性状的聚类分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 形态标记的研究及其在鲤育种上的作用 |
| 4.2 3个鲤种群的形态差异分析 |
| 4.3 3个鲤群体的形态学聚类分析 |
| 第三章 3个鲤群体微卫星遗传多样性的分析 |
| 1 前言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 引物与试剂 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 基因组DNA的提取和纯化 |
| 2.3.2 微卫星扩增反应体系的优化 |
| 2.3.3 微卫星扩增反应产物的检测 |
| 2.4 数据处理 |
| 3 结果分析 |
| 3.1 微卫星反应体系的优化 |
| 3.2 微卫星引物的筛选和PCR扩增 |
| 3.3 群体遗传结构分析 |
| 3.4 3个鲤群体间的遗传相似度、遗传距离和聚类分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 微卫星标记的多态性 |
| 4.2 鲤群体的遗传多样性分析 |
| 4.3 群体间亲缘关系分析 |
| 4.4 鲤鱼品种的选育 |
| 第四章 3个鲤群体的微卫星标记与生长性状相关性分析 |
| 1 前言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 引物与试剂 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 基因组DNA的提取和纯化 |
| 2.3.2 PCR扩增和产物检测 |
| 2.4 微卫星标记与生长性状相关性分析 |
| 3 结果分析 |
| 3.1 生长性状分布 |
| 3.2 微卫星引物的筛选和PCR扩增 |
| 3.3 微卫星位点与鲤体重、体长、体厚和体高的相关性分析 |
| 3.3.1 微卫星位点与黄河鲤生长性状的相关性分析 |
| 3.3.2 微卫星位点与建鲤生长性状的相关性分析 |
| 3.3.3 微卫星位点与黑龙江野鲤生长性状的相关性分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 微卫星标记分析 |
| 4.2 微卫星标记与鲤群体生长性状的关联性分析 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 附录：试验试剂及配置 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 攻读学位期间参加科研项目 |
（7）滤食性鲢、鳙肠含物PCR-DGGE指纹分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 样品采集 |
| 1.2 前肠内含物组成分析及肠含物DNA提取 |
| 1.3 PCR-DGGE及序列分析 |
| 1.4 数据分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 水体中浮游生物背景 |
| 2.2 前肠内含物组成 |
| 2.3 肠含物PCR-DGGE分析 |
| 3 讨论 |
（8）微卫星标记在水产动物遗传研究方面的应用（论文提纲范文）
| 1 微卫星标记的特点 |
| 1.1 含量丰富 |
| 1.2 多态性高 |
| 1.3 分布均匀 |
| 1.4 检测方便 |
| 2 微卫星标记在水产动物遗传的应用 |
| 2.1 物种遗传多样性检测及鉴定 |
| 2.2 基因遗传图谱构建 |
| 2.3 DNA指纹图制作 |
| 2.4 野生群体与人工养殖群体遗传差异 |
| 2.5 群体遗传结构分析及亲缘关系鉴定 |
| 2.6 濒危物种的保护和管理 |
| 3 结语 |
（9）三疣梭子蟹基因组小卫星特征分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料来源 |
| 1.2 小卫星重复序列的判定标准和分类方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 小卫星重复序列在基因组中的分布特征 |
| 2.2 小卫星重复单位拷贝数分布及变异能力分析 |
| 2.3 小卫星重复单位的碱基组成特征 |
| 3 讨论 |
| 3.1 三疣梭子蟹小卫星序列的分布特征 |
| 3.2 三疣梭子蟹小卫星序列的碱基组成特征及其分类 |
| 3.3 小卫星的起源和产生机制及DNA指纹图谱的开发 |
（10）三疣梭子蟹基因组串联重复序列分析及微卫星标记的初步筛选（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1 三疣梭子蟹概述 |
| 1.1 分类地位 |
| 1.2 地理分布 |
| 1.3 形态特征 |
| 1.4 生活习性 |
| 1.5 繁殖特点 |
| 1.6 发育特征 |
| 1.7 生长规律 |
| 2 分子遗传标记技术概述 |
| 2.1 限制性片段长度多态性 |
| 2.2 扩增片段长度多态性 |
| 2.3 随机扩增多态性DNA |
| 2.4 单核苷酸多态性 |
| 2.5 串联重复序列多态性 |
| 3 微卫星引物的设计及筛选 |
| 3.1 微卫星引物的设计 |
| 3.2 微卫星引物的筛选 |
| 4 三疣梭子蟹遗传学研究现状 |
| 4.1 染色体研究 |
| 4.2 同工酶研究 |
| 4.3 RAPD 研究 |
| 4.4 mtDNA 研究 |
| 5 本实验研究的目的和意义 |
| 第二章 三疣梭子蟹基因组微卫星特征分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料来源 |
| 1.2 部分基因组DNA 文库构建 |
| 1.3 克隆与测序 |
| 1.4 统计方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 微卫星序列的总类、数目和相应的百分比 |
| 2.2 6 种重复类型中各种重复拷贝数的分布 |
| 3 讨论 |
| 3.1 三疣梭子蟹基因组微卫星分布特征 |
| 3.2 两碱基重复的分布特征及GC 重复过少的分析 |
| 3.3 微卫星标记技术在三疣梭子蟹研究中的应用前景 |
| 第三章 三疣梭子蟹基因组小卫星特性分析 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 材料来源 |
| 1.2 小卫星重复序列的判定标准和分类方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 小卫星重复序列在基因组中的分布特征 |
| 2.2 小卫星重复单位拷贝数分布及变异能力分析 |
| 2.3 小卫星重复单位的碱基组成特征 |
| 3 讨论 |
| 3.1 三疣梭子蟹小卫星序列的分布特征 |
| 3.2 三疣梭子蟹小卫星序列的碱基组成特征及其分类 |
| 3.3 小卫星的起源和产生机制及DNA 指纹图谱的开发 |
| 第四章 蟹类微卫星 DNA 标记的筛选及其在遗传学研究中的应用 |
| 1 蟹类微卫星的分离及引物设计 |
| 1.1 微卫星的分离 |
| 1.2 微卫星引物设计 |
| 2 蟹类微卫星的特征 |
| 2.1 序列特征 |
| 2.2 引物的保守性 |
| 2.3 遗传特性 |
| 3 蟹类微卫星标记在遗传育种中的应用 |
| 3.1 种群遗传多样性 |
| 3.2 亲缘关系鉴定 |
| 4 微卫星分析存在的问题及展望 |
| 4.1 存在的问题 |
| 4.2 展望 |
| 第五章 三疣梭子蟹微卫星标记的初步筛选 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 微卫星引物的获得 |
| 1.3 微卫星引物的筛选 |
| 1.4 产物检测 |
| 2 结果 |
| 2.1 引物设计结果 |
| 2.2 设计引物的筛选结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 微卫星引物的设计 |
| 3.2 微卫星引物的筛选 |
| 3.3 微卫星引物的应用 |
| 第六章 结论 |
| 参考文献 |
| 硕士期间论文发表情况 |
| 个人简介 |
| 硕士期间所获荣誉情况 |
| 致谢 |
四、花鲢的DNA指纹分析（论文参考文献）
- [1]大众淡水鱼中霍乱弧菌的毒性，抗性和遗传多样性及其可视化检测方法的研究[D]. 许梦婕. 上海海洋大学, 2019(02)
- [2]尖边扁脑珊瑚微卫星引物开发及相近种群体遗传多样性分析[D]. 杨新龙. 广东海洋大学, 2013(09)
- [3]拟穴青蟹基于转录组的分子标记筛选与遗传规律分析[D]. 冯娜娜. 上海海洋大学, 2013(05)
- [4]三种鳜的SSR标记开发及遗传多样性研究[D]. 于海静. 暨南大学, 2013(01)
- [5]微卫星分子标记技术及其在水产动物研究中的应用[J]. 黎玉元,姚一彬,孙念. 湖南饲料, 2013(02)
- [6]微卫星标记与3个鲤群体生长性状的相关分析[D]. 刘伟. 南京农业大学, 2011(01)
- [7]滤食性鲢、鳙肠含物PCR-DGGE指纹分析[J]. 颜庆云,余育和,张堂林,冯伟松,李学梅. 水产学报, 2009(06)
- [8]微卫星标记在水产动物遗传研究方面的应用[J]. 陈万光,贾晓慧. 安徽农业科学, 2009(12)
- [9]三疣梭子蟹基因组小卫星特征分析[J]. 宋来鹏,刘萍,李健,刘振辉. 水产学报, 2008(06)
- [10]三疣梭子蟹基因组串联重复序列分析及微卫星标记的初步筛选[D]. 宋来鹏. 中国海洋大学, 2008(03)