丙型肝炎病毒基因NS_5区酶解与分型研究

丙型肝炎病毒基因NS_5区酶解与分型研究

一、丙型肝炎病毒基因NS_5区酶切分型研究(论文文献综述)

万政伟[1](2021)在《人持续性G病毒二型在中国人群中的检出及其感染性克隆初步探索》文中认为研究背景人持续性G病毒二型(Human Pegivirus Type2,HPgV-2)于2015年英国和美国研究团队首次报道。进化分析发现该病毒属于黄病毒科病毒,与人感染的HPgV(GBV-C)同属于黄病毒科Pegivirus属病毒。目前关于HPgV-2的研究主要是通过观察性研究描述该病毒在人群中的感染特点而HPgV-2病毒的细胞嗜性和致病性尚无任何研究报道。研究发现,HPgV-2主要经血传播,尤其是静脉注射感染。该病毒大多与丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus,HCV)共感染,HCV人群中HPgV-2核酸阳性率为0.29%-2.4%。健康献血员人群、HBV单独感染者、HIV-1单独感染者中很少报道有HPgV-2核酸阳性者。Pegivirus属病毒除了人感染的HPgV(GBV-C)和HPgV-2外,也有陆续报道其他动物感染的相关病毒。和其他种属感染的Pegivirus病毒一样,HPgV-2很难在体外进行分离培养,这直接影响该病毒感染机制及生物学特性研究。研究目的和意义(1)建立HPgV-2的血清学和核酸检测方法,筛查相关人群,探索HPgV-2在不同人群中的感染情况等流行病学特征。(2)扩增国内HPgV-2病毒株全序,分析该病毒基因组特点和分子进化关系。(3)探究HPgV-2对人群宿主的潜在危害及细胞嗜性。(4)尝试建立HPgV-2的体外培养体系,进一步研究该病毒的生物学特性以及和HCV/HIV-1共感染关系。研究内容及方法1、人群调查(1)建立HPgV-2的血清学和核酸检测方法,筛查该病毒在不同人群中的感染情况。(2)扩增HPgV-2的全长基因组序列,并分析该病毒序列变异情况和分子进化关系。2、病毒的致病性和细胞嗜性研究(1)比较HPgV-2感染者肝功能血清学指标,探索HPgV-2对肝脏损伤指标的影响。(2)随访HPgV-2的HCV/HIV-1感染患者,观察HPgV-2的感染状态。对比HCV病毒清除前后肝功能血清指标和肝脏病理改变结果,探索HPgV-2与肝脏损伤的关系。(3)在随访过程中获取患者的肝脏组织和PBMCs,通过免疫组化和核酸原位杂交及核酸扩增方法确定HPgV-2的细胞嗜性。3、感染性克隆构建,探索体外培养方法(1)分析质粒载体和HPgV-2全基因组序列,确定单克隆位点,并合成单克隆位点序列,构建含单一克隆位点的质粒骨架载体。(2)运用PCR方法分段扩增HPgV-2全基因组序列,采用酶切连接方法将扩增片段逐一插入载体,构建HPgV-2全基因组克隆。(3)获得的HPgV-2全基因组克隆,经线性化及体外转录获得病毒全基因组RNA。(4)利用脂质体转染方法将HPgV-2全基因组RNA转染进入细胞系,经过细胞系培养及核酸和抗原检测等方法确定病毒是否体外拯救成功。主要结果1、HPgV-2的基因变异及感染特点研究(1)HPgV-2的抗原和核酸检测方法建立本研究合成了三条HPgV-2基因组部分序列多肽(P4,P9,P16),以此建立了酶联免疫吸附试验(ELISA)来检测血清中的anti-HPgV-2抗体。参考已报道的HPgV-2基因组序列,设计了针对HPgV-2 5’UTR和NS3区域的巢式PCR扩增方法以及该病毒的核酸定量qRT-PCR检测方法。(2)HPgV-2的基因变异性分析本研究采用RT-PCR分段扩增方式获得6条HPgV-2近似全长核酸序列。通过基因组进化分析,发现目前已发现的国内HPgV-2株和国外毒株之间的变异非常小(93.6%-97.8%)。同时,HPgV-2在进化关系上和蝙蝠体内的持续性G病毒最为接近。(3)HPgV-2人群感染特点分析本研究收集了不同人群横断面血清样本共计8198份,检测结果提示HPgV-2和HCV、HIV-1感染相关;HCV人群中,HPgV-2抗体阳性率(1.23%)是健康献血员的8.23倍。在HCV/HIV-1共感染人群中,HPgV-2抗体阳性率(8.91%)是健康献血员的59.66倍,是HCV人群的7.25倍;HPgV-2核酸阳性率(3.47%)是 HCV 人群(0.29%)的 12.08 倍。2、HPgV-2在人体内感染状态、致病性及细胞嗜性研究(1)观察到HPgV-2在人体内能形成持续性感染及一过性感染两种状态,且能够独立于HCV,HIV-1形成稳定感染本研究收集了南方医院240例HCV感染者和广州市第八人民医院512例HCV/HIV-1共感染者样本,对HPgV-2核酸阳性患者进行纵向观察,发现HPgV-2在病人体内形成长达5年的持续性感染状态。同时,也观察到HPgV-2病毒从阳性到转阴的一过性的感染状态。当HPgV-2/HCV共感染患者接受直接抗病毒药物(DAAs)治疗时,HPgV-2不受DAAs药物抑制,能够在患者体内维持稳定感染状态;HCV病毒清除后继续随访半年,HPgV-2仍能在患者体内稳定存在。(2)HPgV-2对肝脏指标(肝功能血液指标、病理指标)HCV感染者中,HPgV-2 RNA阳性和阴性感染者之间ALT水平没有显着性差异(P=0.776);HPgV-2血清学阳性感染者与阴性感染者ALT水平无显着性差异(P=0.298);HPgV-2抗体水平高低(OD≥1.0或者OD<1.0)感染者ALT水平也没有显着影响(P=0.623)。HPgV-2/HCV合并感染患者接受DAAs治疗后,HCV被清除而HPgV-2在患者体内单独持续感染过程中,对比感染者肝脏指标和病理特征发现,HPgV-2未导致患者的肝脏指标异常或明显肝脏病理特征改变。(3)HPgV-2的细胞嗜性免疫组化实验只在肝组织浸润的淋巴细胞内检测到HPgV-2抗原信号;RNA原位杂交在肝脏细胞和浸润淋巴细胞中都能检测到HCV信号,但只在浸润淋巴细胞中检测到微弱的HPgV-2 RNA信号。RNA正负链原位杂交实验在外周血PBMC细胞中检测到HPgV-2正负链RNA信号(阳性率分别为8%-10%,5%-6%)以及HCV病毒的正负链RNA信号(阳性率分别为6%-11%,4%-6%)。CD4+、CD8+T细胞及B淋巴细胞亚群经流式分选富集后利用HCV/HPgV-2正负链RNA扩增实验主要在B淋巴细胞亚群中扩增到HCV和HPgV-2正负链 RNA。3、HPgV-2感染性克隆构建本研究分段扩增了 HPgV-2全基因组并通过单一酶切位点逐一连入骨架载体,成功获得了 HPgV-2全长克隆。HPgV-2全长克隆经体外转录获得病毒全基因组RNA后转染Vero细胞,经核酸和抗原检测显示我们构建的全长克隆能够拯救出HPgV-2,但病毒传代发现不能形成持续有效的感染。结论1、本研究确定中国人群中存在人持续性G病毒二型(HPgV-2)感染。目前已发现的中国HPgV-2株和国外HPgV-2病毒株基因序列高度保守。HPgV-2主要感染HCV人群,合并HIV-1感染显着增加HCV人群中HPgV-2感染率。2、HPgV-2在感染者体内能形成长达5年以上的稳定感染;DAAs药物或不能抑制HPgV-2复制;HPgV-2可以不依赖HCV/HIV-1病毒在患者体内形成单独的持续感染状态。3、HPgV-2不感染肝脏细胞,也不引发明显的肝脏损伤;研究结果首次发现HPgV-2是一个淋巴细胞嗜性病毒,且主要感染B淋巴细胞。4、本课题成功构建了 HPgV-2基因组全长克隆,但尚不能稳定组装成具有持续感染性的病毒颗粒。

张超[2](2020)在《四川省丙型肝炎病毒的感染现状和基因型分布的特征》文中指出研究目的:了解四川省地区HCV感染情况、基本流行性特征以及基因型分布情况。研究方法:通过回顾性研究2014年-2018年期间采集自四川省人民医院4465例就诊患者的血液标本,对患者血液样本的HCV-RNA的病毒载量进行分析。同时,分析基于PCR-荧光探针分型法检测的从2016年-2018年期间收集的467例患者血液标本的HCV基因分型的情况。研究结果:高精度HCV-RNA定量检测确认阳性1647例,阳性率为36.89%,(95%可信区间:35.47-38.31%),其中813位为男性,阳性率为49.36%;女性为834,阳性率为50.64%。在阳性患者中40<年岁≤60岁患者占55.74%,在2014年-2018年期间41至60岁年龄组的阳性率分别为50.00%,57.94%,55.97%,55.51%和54.08%。每年进行HCV-RNA定量检测的确认阳性率分别为49.28%,48.98%,39.83%,30.47%和31.36%。2016年-2018年的469例HCV-RNA阳性血清标本中,1b型有355例(76.02%),占主导地位,男性166例(46.76%)和女性189例(53.25%)。研究结论:2014年至2018年四川省人民医院HCV-RNA确诊阳性率呈现逐年下降的趋势,40<年龄≤60岁患者阳性率却呈现一个逐年上升的趋势。四川地域HCV风行的基因型呈现多基因型的散布特色,首要为1b型。了解HCV感染患者的基本情况以及常见的分型,对临床检测与治疗有重要价值。

纪伟[3](2019)在《HCV和HBV的特异性T细胞免疫反应和分子机制研究》文中指出丙型肝炎是由丙型肝炎病毒(hepatitis Cvirus,HCV)引起的一种主要经血液传播的传染病,呈世界性流行。根据世界卫生组织报告,全球丙型肝炎的流行率平均为3%,估计有1.7亿人感染丙型肝炎病毒,每年新增感染者300万-400万例,死亡25万例,占所有传染病死因的第10位。丙型肝炎已经成为困扰全球公共卫生的一个重要问题。目前,由于HCV基因的多样性以及缺乏理想的动物和细胞感染模型,HCV疫苗研究仍面临很多难题。T细胞免疫在急性HCV感染中病毒是否能自发清除起到关键作用。研究表明,在自限性HCV感染的患者或黑猩猩中发生了强烈的HCV特异性CD8+T细胞应答,但在慢性感染的宿主中观察到较弱CD8+T细胞应答。为了探究T细胞在HCV感染自然进程中的特征,及T细胞免疫与疾病进程的相关性,我们招募河北省某村因献血感染HCV的聚集性人群为研究对象,其中的HCV感染者是1970-1990年左右因献血感染,没有接受过任何治疗。我们用NS3蛋白overlapping多肽库体外刺激PBMC,通过流式分析T细胞细胞因子分泌、记忆细胞分型及抑制性分子表达等,探究T细胞免疫在HCV病毒清除组和慢性感染组的特征及差异。结果表明,病毒清除组的CD8+T和CD4+T细胞因子分泌能力显着高于慢性感染组和健康对照组。两组HCV特异性CD8+T细胞主要以效应性记忆T细胞(TEM)和效应性T细胞为主(TEMRA),而HCV特异性CD4+T细胞主要以效应性记忆T细胞(TEM)和中心记忆T细胞(TCM)为主。在抑制性分子的表达分析中,慢性感染者病毒特异性CD8+T细胞抑制受体的表达以PD-1高、TIM-3高表达为主要特征,其与以AST或ALT水平异常和形态病理学变化为特征的肝损伤相关。有趣的是,LAG-3在慢性感染者CD8+T细胞上的表达较低,与ALT或AST呈负相关。我们对长时期的HCV感染者的病毒特异性T细胞免疫的特征进行了研究,并有助于阐明免疫应答在相关临床过程中的作用。同时,我们也对慢性感染者感染的HCV病毒进行了分子水平的研究工作。我们对其感染的HCV病毒通过分子生物学实验进行基因分型,并利用一代测序和二代测序手段获得26条全基因组序列。根据基因分型结果,这些感染者感染的是HCV1b(17)、HCV2a(9)两种基因型。对于一代测序的全基因序列,我们根据MEGA7.0的进化距离分析发现,HCV1b间及HCV2a间的序列都有很高的同源性。通过与国内外序列进行系统发育进化树分析,HCV2a的序列相对聚集,聚集在一个独立的分支上,与国外测得的NDM228等株亲缘关系相对较近。HCV1b的17条序列相对分散。对各蛋白编码区也进行了系统进化分析,结果同全基因序列的分析基本一致。通过二代测序,我们获得的信息有原始reads、拼接序列、每条序列每个位点的测序深度、entropy、mutrate等。26条序列的拼接工作已经完成,数据分析还在进行中。我们在病毒“准种”、重要的T细胞表位和中和抗体表位的免疫逃逸突变等角度进行分析,结合临床数据,探究其与肝脏损伤程度的相关性。另外,MHC分子结构在T细胞免疫研究中起了很重要的作用。MHC分子可以限制TCR对多肽的识别,而且多肽与MHC之间的构象协调作用对于TCR的识别至关重要。如果将构像改变的关键氨基酸突变,就会导致pMHC复合物与TCR的结合变弱。同一 MHC-多肽可以被不同TCR识别,MHC-多肽复合物的柔性变化也是TCR可以交叉识别的原因之一。可以看出,MHC-多肽的结合能力以及它们的构象变化影响了TCR识别。我们通过对H-2Kd-HBV peptide复合物分子结构的分析,并结合HLA-B*4001的结构解析及分析,发现两个复合物结构中都有在一个带正电的氨基酸R和负电氨基酸E构成的两种不同形式的盐桥参与MHC与多肽的结合。我们对两个氨基酸进行了单突变和双突变,通过refolding、CD检测MHC与多肽结合的稳定性,以及H-2Kdtetramer对HBV特异性CD8+T的识别,结果证明了盐桥氨基酸的突变影响了多肽与MHC分子的结合能力及多肽-MHC复合物对TCR的识别。综上所述,本研究探究了 T细胞免疫在HCV感染自然进程中的特征和T细胞免疫与肝脏损伤程度的相关性,并对感染者感染的HCV病毒全序列进行了分析。另外,我们基于H-2Kd-HBV peptide HBc87-95和 HLA-B*4001-SARS N216-225复合物结构发现了盐桥在MHC与多肽结合及MHC-多肽复合物对TCR识别的重要性。该研究工作对HCV和HBV的预防和治疗具有一定的提示性和指导性。

林元龙,王福祥[4](2017)在《丙型肝炎病毒基因分型的研究进展》文中研究表明丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)属于黄病毒科,分为6个基因型与不同的亚型。HCV基因分型与疾病的严重程度、病程、病情进展和治疗转归有非常重要的关系。本文就HCV基因分型构成、HCV基因分型的流行病学的意义、HCV基因分型的检测方法、HCV基因分型与疾病严重性、HCV基因分型与抗病毒治疗、HCV基因分型与疫苗研制等有关的研究作一综述。

吴涛[5](2017)在《海南省HCV分子分型、分子进化及黎族HCV基因型6特殊病毒株的全基因组研究》文中认为背景:目前,全球有近1.8亿人感染丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV),而在中国约1000万为抗-HCV阳性。HCV至今尚缺有效的疫苗。依据Simmond系统,HCV可分为7个基因型和85个确定的以及20个待定的基因亚型。对HCV基因型分布及分子流行病学的研究,有助于控制HCV的播散。最新研究表明,中国HCV基因型以1b为主,占56.8%(582/997);其次为2型、3型和6型。但是,中国的南北地区HCV基因型组成和播散趋势不尽一致。与北方不同,6a在华南地区已经取代2a成为当地的第二个主要流行的HCV基因亚型,并曾在广东河源发生快速流行。海南岛毗邻广东省,主要居民为汉族(83.33%),其次是黎族(14.73%)。至今对海南岛的HCV分子流行病学研究较少。此外,海南黎族族源研究显示,其与南岛语系的多个族群有明显遗传渊源关系,其被称为“人类进入东亚入口的古老活化石”。至今HCV基因型6的各个亚型主要发现在东南亚地区流行。HCV基因型6因其遗传差异最大,亚型最复杂,已被视为HCV的最古老的病毒株,目前仍不断地发现新的HCV基因型6特殊病毒株——指不能归入已知的亚型的病毒株。HCV基因型6特殊病毒株由于病毒载量低、遗传差异大和缺乏参照序列,因此对该类病毒进行全长扩增是世界难题。前期研究发现部分来源于海南黎族的HCV基因型6病毒起源古老且独特。因此,对海南黎族的HCV基因型6特殊病毒株进行全长扩增,研究海南黎族的HCV基因型6与东南亚其他地区该型病毒的进化关系,将有助于补充该型病毒的生活史研究。目的:1.本研究首先通过研究海南省汉族和黎族人群中的HCV基因型分布和临床特点、高危因素来了解海南省HCV的感染概况。2.应用系统发育树分析(phylogenetic anlynasis)来了解海南汉族地区HCV的来源、传播模式和规律。3.从黎族中的HCV基因型6特殊病毒株中,对两株未知的病毒株HN1316和HN1350进行了全基因组扩增和测定。进一步分析黎族“HCV基因型6特殊病毒株”与东南亚地区的HCV基因型6毒株的进化关系。方法:1.样品来源:纳入2013.1~2014.6间收集的HCV-RNA阳性慢性HCV感染者血清标本246例(其中汉族176例,黎族70例)。基因的扩增和测序:巢式PCR扩增并测序Core-E1。数据分析:应用系统发育树分析海南汉族和黎族人群中HCV基因型的分布特点。2.应用BEAST 1.6软件和贝叶斯—马尔科夫链—蒙特卡洛(Bayesian—MCMC)方法对海南汉族与中国其他地区汉族的HCV序列进行种系地理学分析。最后,扩大海南汉族的慢性HCV感染者的病例数至402例,检测其基因分型,系统分析这些患者的流行病学特点和临床特点,Logistic回归分析海南地区HCV感染的高危因素。3.设计简并引物及特异性引物,通过“DNA walking on bridges and islands”策略进行多片段PCR扩增并测定两株未知的黎族病毒株——HN1316和HN1350的全基因组序列。继而采用生物信息学软件,进行核苷酸相似性分析,构建ML(Maximun Likelihood)系统进化树以估算它们的系统进化位置,进行基因重组测定分析,来确定新的基因亚型。结果:1.海南省汉族人群的HCV流行概况:(1)海南省汉族的163例样本基因型分布为:6a是最主要的亚型,其次是1b、3b、3a、2a和 1a:6a为 33.7%(55/163),1b为 33.1%(54/163),3b为 14.7%(24/163),2a 为 6.7%(11/163),3a 为 8.6%(14/163)和 1a 为 3%(5/163)。(2)种系地理学分析发现:海南的HCV与中国其它地区汉族的HCV交替分布于每一簇中。进而,扩大至402例后的检测基因型分布、流行病学特点和临床特点如下:(3)6a仍是最主要的亚型,其次是1b、3b、3a、2a和1a。(4)Logistic分析表明:海南HCV传播的高危因素分别是使用过污染的医疗器械(P<0.05)、使用血制品(P<0.05)和静脉吸毒(P<0.01);卡方检验显示6a亚型中静脉吸毒明显高于其他亚型(P<0.01)。2.海南省黎族58例的基因型分布为:基因型6为94.8%(55/58),1b为1.72%(1/58)、2a 为 1.72%(1/58)、3b 为 1.72%(1/58)。进一步对 55 例HCV 基因型 6 分析发现:6a 为 3.5%(2/58),6xa 为 3.5%(2/58),6w 为 5.2%(3/58),6e 为 1.7%(1/58),6v 为 1.7%(1/58),6r 为 1.7%(1/58),特殊病毒株为77.6%(45/58)。系统发育树分析显示这45株病毒明显有别于东南亚其他地区的病毒株而集聚为独立的进化簇。3.成功对HN1316和HN1350成功进行全基因组扩增。分析发现:两个病毒株与其他已知的6型全长序列的基因相似性在70~80%;接着构建ML系统进化树发现,HN1350与印度尼西亚、香港地区发现的6g、6w有着共同的祖先,HN1316与6a、6b、6xd和6ZS202、老挝地区发现的6L373有着共同祖先。进一步分析发现无明显流行病学关联的三个病毒株:HN1350(全长)、HN1314和HN1411三个序列之间基因差异在7.6~14%。结论:1.6a是海南汉族中最主要的感染基因型,其次为1b,提示6a在我国可能已经开始从广东地区快速传播开来。海南岛虽然与大陆隔海相望,但是海南省汉族人群同属于中国大陆汉族的HCV传播网络。2.海南黎族人群的HCV以基因6型为主,并发现多株基因6型的特殊病毒株且高度聚集,提示HCV基因型6病毒可能在黎族地区封闭地缓慢传播了非常长的时期。3.首次在黎族中发现一个HCV基因型6的新亚型。基因相似性结果显示HN1316和HN1350属于HCV基因型6,但不能归于已知亚型;这两个病毒株与东南亚周边地区来源的病毒有共同祖先,提示海南黎族可能是HCV基因型6起源的一部分;本研究中有三株病毒满足新基因亚型命题条件,可以命名一个HCV基因型6新亚型(6xg?),联系HCV命名委员确认新命名的工作在进行中。

刘亚妮[6](2016)在《用于制备HCV抗原抗体一体化检测试剂盒相关试剂的研究》文中研究表明在全球范围内丙型病毒性肝炎是可致死的十大感染性疾病之一,在我国也是一种常见的传染病。丙型病毒性肝炎由丙型肝炎病毒引发,简称为丙肝,主要传播途径是经体液及血液传播。HCV感染人群中慢性丙型肝炎约占70%~85%,其中60%~70%的慢性感染患者将发展为慢性肝病,包括肝硬化、肝癌等,在肝硬化患者中,每年有1%~4%发展为肝癌。HCV感染会引发肝硬化的产生,同时也是诱发肝癌的最重要原因。丙肝危害极大的另一主要原因是由于目前尚无切实有效的可用于预防丙型肝炎病毒感染的疫苗。在发展中国家,因为诊断技术不成熟以及治疗方法存在缺陷而导致的HCV感染者死亡率在逐渐升高。由于HCV疫苗的研发在短期内很难获得突破性的进展,所以,控制该疫情的发展只能从切断传染源和阻遏传播途径上入手。而HCV感染初期具有极强的感染性,因此对HCV感染者进行及早而准确的诊断是控制丙型肝炎传播的最为有效的手段。因而建立一种具有高灵敏度、特异性和稳定性的针对HCV的筛查方法具有重要的意义。目前常用的HCV检测方法主要包括:①血清中HCV抗体检测;②血清中HCV核心抗原检测;③血液中HCVRNA检测。这三种检测方法在确诊HCV感染、选择患者治疗方案以及评价治疗效果等方面相辅相成,起到了关键性的作用。但由于目前使用的抗HCV检测试剂盒中抗原均为人工合成的具免疫原性的基因工程抗原配比合成肽抗原,其在特异性方面存在不足,可能会出现假阳性结果。此外,由于“窗口期”的存在,在HCV感染初期,感染者体内尚无抗体的产生,因此,在HCV感染早期诊断还需要其他检测策略来弥补其不足。丙肝病毒核心蛋白由氨基酸序列非常保守的大约190个氨基酸编码而成。病人血液中HCV核心抗原的出现是反映HCV感染的重要标志,因此目前可应用于HCV感染“窗口期”的筛查,HCV抗原的检测可将HCV感染的窗口期缩减50天左右。HCV核心抗原检测中较常用的方法是双抗体夹心法。双抗体夹心法可检测血清样品中总的核心抗原或游离的核心抗原,在明显缩短窗口期的同时,不会受到被检样品中所含有的抗-HCV抗体的影响,检测结果可靠,具有方法简单、用时短、对环境要求低、假阳性率低等特点。在暴露于HCV环境中7~21天内,即可在患者外周血中检测到HCV RNA的存在,其含量在血清阳转之前可达到一个峰值,滴度在1×105至1×108拷贝/mL之间。为了实现HCV感染的早期检测,降低感染率,许多国家采用了灵敏度较高的核酸检测法,但技术该技术对设备、试剂及操作方法等要求均较高,而且检测过程易交叉污染,因此很难在发展中国家推行开来。综上所述,联合检测抗HCV抗体及HCV核心抗原将成为检测HCV感染的有效手段之一。本课题利用检测抗原及抗体相结合的方法,可同时检出样本中HCV抗原和抗体,提高了阳性检出率,并可有效缩短HCV检测窗口期,有利于HCV感染早期诊断。通过比较前三代抗-HCV诊断试剂盒中抗原的组份,我们选择了 core及NS3-5重组型抗原检测病人血液中的抗体,同时应用HCV核心抗原保守区两端小肽分别制备HCV抗核心单克隆抗体,利用双抗体夹心法原理检测病人血液中的抗原。本课题的具体研究内容如下:(1)ELISA试剂盒中用于检测抗体的丙肝病毒抗原的表达与纯化:通过PCR获得HCV core-NS3-5基因片段,将其克隆至实验室构建保存的原核表达载体pRSET-BL,然后通过酶切鉴定及测序获得pRSET-BL/HCV core-NS3-5原核表达载体,将该质粒电转化至E.coliBL21(DE3)菌株,经IPTG诱导,Ni-NTA亲和层析纯化目的蛋白6His-HCV core-NS3-5融合蛋白。该融合蛋白作为ELISA试剂盒中抗原的组份。(2)携带丙型肝炎病毒核心抗原C8-160片段,核心抗原小肽C8-22及C101-115融合蛋白的原核表达载体的构建及其表达纯化:通过公司合成HCV C8-160基因片段、HCV C8-22小肽以及HCV C101-115小肽的Linker。将HCV C8-160基因克隆至实验室构建保存的PGEX-4T-3载体,获得原核表达载体PGEX-4T-3/HCVC8-160。将 HCVC8-22 小肽和 HCVC101-115 小肽分别克隆至实验室保存的pET-28a/HBc-LacZ BS载体和pRSET-B/Grn E BS载体中,获得pET-28a/HBc-HCV C8-22、pET-28a/HBc-HCV C101-115、pRSET-B/Grn E-HCV C8-22和pRSET-B/Grn E-HCV C101-115四种可以表达不同表位小肽的融合蛋白的原核表达载体。将上述五种原核表达载体分别电转化至E.coli BL21(DE3)菌株,经IPTG诱导,Ni-NTA亲和层析纯化目的蛋白,用于制备针对HCV核心不同抗原表位的单克隆抗体。(3)分别携带核心抗原小肽C8-22和C101-115的真核表达载体的构建:将质粒pAd5/E1-CMV-H1H2-Grn E-Flag用BamHI和SfuI分步双酶切后,分别连入HCV C8-22小肽和HCV C101-115小肽,转染HEK 293细胞72 h后收集上清和全细胞裂解液,用于单克隆抗体的Western Blot检测。(4)针对人IgGFc段的单克隆抗体的制备:用购买自Sigma的人IgG蛋白作为免疫原,第一次免疫时将免疫原和Freund完全佐剂等体积混合,研磨后对小鼠进行皮下多点注射,每只小鼠注射的免疫原总量为40 μg;3周后进行第二次免疫,将免疫原与Freund不完全佐剂等体积混合,每只注射剂量和注射方法均同第一次;2周后进行第三次免疫,此次不加佐剂,采用腹腔注射,注射剂量同前两次。2周后,进行断尾取血,用ELISA检测小鼠血清抗体效价,选择抗体效价达到1:64000以上的2只小鼠,于1周后用该蛋白进行腹腔加强免疫。加强免疫后第2天,将饲养细胞接种于96孔板中,第3天将免疫小鼠的脾细胞按照10:1或5:1比例与SP2/0骨髓瘤细胞通过PEG4000进行融合,以HAT/HT选择培养液筛选杂交瘤细胞,融合7天至10天后,采用ELISA法筛选阳性孔,经过3~4次的亚克隆,阳性率达到100%时,即得到分泌小鼠抗人IgG单克隆抗体的杂交瘤细胞,随后将杂交瘤细胞转移到24孔板中进行扩大培养并冻存。选择8周龄的BALB/c小鼠制备腹水。收集腹水后获得所需的小鼠抗人IgG单克隆抗体。(5)针对HCV核心不同抗原表位的单克隆抗体的制备:为了制备针对HCV C8-22单克隆抗体的制备,将上述获得的GST-6His-HCV C8-160融合蛋白作为初次免疫原,HBc-HCV C8-22融合蛋白作为加强免疫原,Grn E-HCV C8-22融合蛋白用于杂交瘤的筛选检测,筛选获得阳性杂交瘤细胞,扩大培养及制备腹水后由Western Blot和免疫荧光染色进行鉴定,制备得到针对HCV C8-22的单克隆抗体。针对HCV C101-115单克隆抗体的制备,同上述实验策略,初次免疫原同上,HBc-HCV C101-115融合蛋白作为加强免疫原,Gm E-HCV C101-115融合蛋白用.于筛选,制备获得针对HCVC101-115的单克隆抗体。(6)HCV抗原抗体联合检测体系的建立及其应用:应用针对HCV核心抗原不同抗原表位的单克隆抗体Anti-HCV C8-22和Anti-HCV C101-.115及HCV core-NS3-5重组抗原同时包被酶联板。如果是检测样本中的抗体,使用HRP标记的鼠抗人IgG单抗;如果是检测样本中的抗原,使用与固相包被物有不同抗原决定簇的辣根过氧化物酶标记的抗-HCV核心单克隆抗体,显色后进行定性或定量检测。由此可以检测样品中的HCV抗原或其抗体。通过以上研究获得以下研究成果:(1)成功构建了 pRSET-BL/HCV core-NS3-5原核表达载体,纯化获得6His-HCV core-NS3-5 融合蛋白,浓度为 1.0 mg/mL;(2)成功构建了 PGEX-4T-3/HCV C8-160原核表达载体,纯化获得GST-6His-HCV C8-160 融合蛋白,浓度为 1.0 mg/mL;(3)成功构建了 pET-28a/HBc-HCV C8-22 和 pRSET-B/Grn E-HCV C8-22 原核表达载体,纯化获得携带HCV C8-22小肽的融合蛋白HBc-HCV C8-22浓度为0.1 mg/mL,Gm E-HCV C8-22 浓度为 0.25 mg/mL;(4)成功构建了 pET-28a/HBc-HCV C101-115 和 pRSET-B/Grn E-HCV C101-115原核表达载体,纯化获得携带HCVC101-115小肽的融合蛋白HBc-HCV C101-115 浓度为 0.1 mg/mL,Grn E-HCV C101-115 浓度为 1.2 mg/mL;(5)成功构建了 pAd5/E1-CMV-H1H2-Grn E-HCV C8-22-Flag 和 pAd5/E1-CMV-H1H2-Gm E-HCV C101-115-Flag 真核表达载体;(6)通过杂交瘤技术制备获得3株针对人IgG Fc段的单克隆抗体的杂交瘤细胞系,它们分别为33E5、30E1和28D11。经Western Blot鉴定,3株单克隆抗体均特异性针对人IgGFc段。均为IgG1亚类。经ProteinGPlus/ProteinA-Agarose亲和层析法纯化后浓度分别为2.28 mg/mL、1.07 mg/mL和1.61 mg/mL。(7)采用联合免疫的方法,通过杂交瘤技术制备获得3株针对HCV C101-115抗体,它们分别为39A6、43C6和73B6。经Western Blot和免疫荧光染色鉴定,3株单克隆抗体均特异性针对HCV C101-115抗原。均为IgG1亚类。经Protein G Plus/Protein A-Agarose 亲和层析法纯化后浓度分别为 3.41 mg/mL、5.15 mg/mL 和 1.09 mg/mL。上述研究成果为HCV诊断提供了特异性抗体及抗原,为进一步研究HCV的防治途径奠定了重要基础;同时也为小肽的单抗制备提供了一种更有效的免疫方案。

杨晓钰[7](2016)在《庚型肝炎病毒与HIV、HCV相互作蛋白的筛选及E2与LTα蛋白互作验证》文中研究表明庚型肝炎病毒(GB Virus C,GBV-C)属于黄病毒科、Pegivirus病毒属,是一种单股正链RNA病毒,其基因组特征与丙型肝炎病毒较为相似,全长约9.4kb主要编码七种蛋白(E1/E2/NS1/NS2/NS3/NS4/NS5)。GBV-C的传播途径与艾滋病病毒(Human Immunodeficiency Virus,HIV)和丙型肝炎病毒(Hepatitis C Virus,HCV)极为相似,主要通过血液传播、性传播和母婴传播,因此GBV-C与HIV和HCV的双重感染以及三重感染普遍存在。临床数据表明,GBV-C本身不致病,但与HIV-1共感染可以延缓HIV患者的疾病进程,其表现为降低了艾滋病患者的病毒载量,提高了其CD4+细胞数,改善了 HIV患者的生活质量。此外,近期研究表明在丙型肝炎病毒导致的肝硬化患者中,GBV-C的共感染可以延缓肝硬化的疾病进程,同时我们前期的研究也发现在慢性HCV患者中,GBV-C共感染可以改善丙型肝炎患者的肝功能。因此,阐明GBV-C与HIV-1,GBVC与HCV之间的作用机制是该领域的研究热点,其中明确GBV-C与HIV-1和HCV之间相互作用的蛋白又是揭示其相互作用机制的关键。基于此,本论文利用第四代Gold酵母双杂交系统,就GBV-C对HIV-1和HCV相互作用的蛋白进行了初步研究。首先,我们选择云南主要7型GBV-C、CRF08BC型HIV-1和2a型HCV毒株和文库质粒pGAD-T7,利用RT-PCR、产物纯化、酶切、连接、转化等实验技术分别构建了 GBV-C编码的7种蛋白、HIV-1编码的16种蛋白和HCV编码的8种蛋白对应的文库重组质粒。该重组质粒分别经双酶切和测序验证均无移码突变和缺失突变,表明各质粒构建成功。其次,利用酵母毒性和自激活实验对构建成功的上述重组质粒进行了验证,结果表明,除HIV-1的Vpu、gp41存在自激活外,其余质粒均适合利用该酵母双杂交体系进行筛选。再次,利用酵母双杂交体系筛选结果表明,GBV-C与HIV-1互作蛋白为GBV-C E2与LT-α、GBV-C**与 HIV**、GBV-C**与 HIV**、GBV-C**与 HIV**和 GBV-C**与 HIV**;GBV-C与HCV互作蛋白为GBV-C**与**和**与HCV**;GBV-C自身互作蛋白为**与**、**与**、**与**和**与**。最后,分别利用免疫共沉淀技术(Co-JP)和双色荧光免疫法证实了 GBV-C E2蛋白与LT-α蛋白互作,进而利用荧光定量PCR技术证明E2与LT-α的表达呈正相关。综上所述,本研究针对我国主要流行的GBV-C、HIV-1和HCV毒株,利用酵母双杂交系统对GBV-C与HIV-1,GBV-C与HCV和GBV-C自身互作蛋白进行了筛选和初步研究,该结果首次发现GBV-C与HIV-1和HCV直接相互作用的蛋白,为今后深入展开GBV-C与HIV-1和GBV-C与HCV相互作用机制的研究提供了重要依据。

张文杰,杜绍财,杨建军,屈延,毛维武,李静,李朝霞,田淑菊,龚晏萱,饶慧瑛,孔玮晶[8](2014)在《兰州地区HCV疑似2i/2a基因重组变异病例与干扰素α应答关系的探讨》文中进行了进一步梳理目的探讨兰州地区9例丙型肝炎患者51-非编码区(51-NCR)和C区基因型变异及与干扰素α(IFNα)疗效的关系。方法应用限制性内切酶分析和NCBI基因分型方法检测9例经IFNα-2b治疗的HCV感染患者的51-NCR和C区基因型,筛选HCV前后基因型不一致的病例。结果9例IFNα治疗的丙型肝炎患者中,5例获得持续病毒学应答,其中2例HCV基因型为2a型,3例为无MboⅠ切点的1b型。4例IFNα抵抗的病例,其中1例HCV基因型为2a型,但存在着1b与2a混合状态;另1例HCV51-NCR为2i基因型,C区和NS5区为2a基因型;其余2例HCV 51-NCR和C区均为1b型。9例IFNα抗病毒治疗的丙型肝炎患者中,除HCV基因型为2型的患者之外,在HCV 1型患者中,-221bp位点均为无MboⅠ切点株,在这7例普通IFNα无效病例中,改用聚乙二醇IFNα-2a联合利巴韦林抗病毒治疗后,其中5例HCV RNA阴转,阴转率为71.4%。结论兰州地区经普通IFNα治疗无效的HCV患者中存在基因型前后不-致现象,基因重组患者经聚乙二醇IFNα-2a联合利巴韦林治疗持续病毒学应答率明显优于普通IFNα联合利巴韦林。

张智辉[9](2014)在《云南省静脉注射吸毒人群中HCV感染的分子流行病学研究》文中研究表明丙型肝炎(Hepatitis C)是威胁人类身体健康的重要传染病,其病原体是丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus, HCV),全球范围内大约有1.7亿人感染了HCV,我国的感染率约为3.2%。HCV感染容易慢性化,慢性丙型肝炎约有20%-30%会在20年内缓慢进展为肝硬化和肝癌,HCV感染成为导致肝癌及终末期肝病的重要原因。HCV的依赖RNA的RNA聚合酶(RdRp)缺乏校对功能,使得RNA在复制过程中错配率极高,最终导致了HCV基因组中核苷酸突变频率极高,为基因分型提供了基础。HCV可分为6个主要基因型,每个基因型又可分为若干亚型,HCV基因型的不同直接影响HCV的致病力和患者对药物治疗的反应性。在静脉注射吸毒人群中HCV的感染比例极高(15.6%-98.7%),云南省地处中国西南边陲,与缅甸、老挝、越南三国接壤,紧邻世界最大的鸦片种植地“金三角”,是毒品运输入中国内地的重要节点,具有大量的吸毒人员。相关调查显示云南省静脉注射吸毒人群HCV的感染率接近80%。本研究从昆明市疾病预防控制中心获得了100份2012年1月至5月期间收集于云南不同地区吸毒人员的HCV阳性血清样本,通过RT-PCR扩增得到HCV C/E1区段,经过T-A克隆和测序,确定了云南省共分布8个亚型的HCV(la,1b、3a、3b、6a、6n、6u、6v)。主要流行的基因型为6型(47%),其次为3型(41%)及1型(12%)。在亚型分布中,6n亚型(30%)及3b亚型(29%)为主要流行的亚型,占到样品总数的59%。本研究通过对比云南省与其他地区静脉注射吸毒人群HCV基因型分布情况后发现,云南省HCV基因型分布情况与中国南部的情况相似,而与中国东部地区有明显区别。通过对比本次研究的结果与早前云南省相关研究的结果,发现在五年时间内云南省静脉注射吸毒人群中6型HCV比例由25%上升为47%,其中6a亚型由5%上升为15%,6n亚型由11.2%上升为30%,而3a亚型及1b亚型的频率下降接近50%。本研究的结果进一步佐证了HCV的基因型及基因亚型受到贩毒路线的影响这一推论,并发现云南省静脉注射吸毒人群中HCV基因型及基因亚型相较之前有了明显的变化,6a及6n亚型可能由缅甸和越南通过贩毒路线传入云南。

肖桂娥[10](2014)在《广州地区丙型肝炎患者的HCV基因型相关研究》文中指出研究背景丙型肝炎病毒(Hepatitis C Virus,HCV)感染可导致75%-85%感染者发展为慢性肝病,是慢性肝炎、肝硬化及肝癌的重要病因,严重危害人类的健康和生命。全球HCV感染率约3.0%,即有1.7-2.0亿的HCV感染者;我国的HCV感染率约为2.5-4.9%,感染人数已超过3000万。HCV可经静脉吸毒、输血、性传播、垂直传播、或经破损的皮肤粘膜传播如手术、纹身、拔牙、共用卫生器具等。发达国家以静脉吸毒传播为主,我国早期以输血和血制品传播为主,在实行血液筛查HCV制度后,此传播途径大幅下降。但随着我国吸毒人群增多,经静脉吸毒感染HCV的比例增大。HCV基因型繁多,目前国内外常采用Simmonds命名法,将HCV分为6种基因型和80多种基因亚型。基因型分布有明显的地域差异性,la、lb、2a、2b、3a型呈全球广泛分布,其中1b型分布最广;中国以1b和2a型多见,其中以1b型为主,2a型主要分布在中国北部,3型主要分布在云南等西南地区,4型、5型报道罕见,6型主要见于香港、澳门及南方边境省份,6亚型最复杂,变异株最多,到目前为止,6型已发现有23个亚型。有报导广东地区献血员和静脉吸毒人群中,以1b和6a型为主,并发现新的6型变异株。而本地区丙型肝炎患者的HCV基型变化有待进一步研究。不同基因型的HCV对肝脏损伤程度不同,1b型对肝脏的损伤严重度大于其他基因型。目前多采用聚乙二醇干扰素(PEG-IFN)α联合利巴韦林(RBV)进行抗病毒治疗,不同基因型感染者疗效不一,1、4型病毒应答率低于2、3型,因此,准确诊断HCV基因型对HCV抗病毒治疗方案选择及疗效判断至关重要。为了精准分型,国际上对HCV基因分型技术进行了长期研究。目前,HCV基因分型技术包括基因测序法、型特异性引物扩增法、探针杂交法、基因芯片法、限制性片段长度多态性分析(RELP)、异源分子迁移率分析法(HMA)等。对HCV全基因组测序是最准确的方法,但难度大、费时、成本高,临床上难以实行,而部分基因测序法相对简单易行,目前已将HCV基因NSB5区测序分型法视为“金标准”。但我们临床上常规采用国产商业试剂(探针杂交法)对HCV基因分型,此法只能分出1型与非1型,且准确率较低。鉴于基因分型方法存在的问题和广东地区HCV基因型的复杂性,为配合临床丙型肝炎诊疗的需求,本研究以广州地区丙型肝炎患者为主体,对其HCV基因相关问题进行了研究,包括临床切实可行的两种基因分型方法的准确性比较和HCV分子流行病学研究两部分内容。第一部分临床切实可行的两种基因分型法(部分基因测序法与探针杂交法)的准确性比较研究内容及目的比较临床常规使用的HCV部分基因测序法和探针杂交法对HCV基因分型的准确性,为临床选择HCV基因分型方法、基因型诊断和制定抗病毒治疗策略及HCV分子流行病学研究提供可靠依据。研究方法收集2012-2013年在广州市第八人民医院就诊的191例临床丙型肝炎患者,其血清标本已采用国产探针杂交法进行了HCV基因分型。以国际HCV基因库中HCV全基因序列代表株的分型结果为“金标准”,设计C区和NS5B区基因序列扩增引物,分别扩增HCV C区和NS5B区基因,基因产物的测序结果与“金标准”共建系统进化树进行基因分型,分型结果与患者的探针杂交法分型结果进行对比。研究结果1.从国际HCV基因库中共获得92个代表株,涵盖7个基因型、54个基因亚型和5个重组基因型。分别构建代表株的全基因、C区和NS5B区的系统进化树,结果显示,92个代表株的全基因序列分型结果与其C区和NS5B区基因分型结果一致。2.用HCV C区和NS5B区扩增引物分别检测191例临床丙型肝炎患者的HCV基因,结果显示两区均扩增成功的有171例,其中167例C区和NS5B区HCV基因分型结果一致。3.167例基因测序分型结果与患者的探针杂交法分型结果对比显示,总符合率为84.43%(141/167)。探针杂交法误检的26例中,23例6a型误检为1型;2例1b和1例1a型被误检为非1型。171例患者中另外4例(2.34%)的C区与NS5B区HCV分型结果不一致,其中3例C区分型为6a而NS5B区分型为1b,另外1例C区分型为1b而NS5B分型为6a,4例患者的探针杂交结果显示,2例与C区结果一致;另外2例与NS5B区结果一致。结论1.目前临床上常规使用的国产商业试剂(探针杂交法)误检率高,且易在1型和6型间出现误检。2.建立了更精确的基因分型法:C区和NS5B区基因同时测序可使分型结果更加准确,两区分型结果一致时可以取代HCV全基因测序分型,两区分型结果不一致时,提示可能存在混合株或重组株感染,需做进一步分析。第二部分广州地区丙型肝炎患者的HCV分子流行病学研究研究内容及目的研究广州地区丙型肝炎患者HCV基因型特点及其与患者年龄、性别、传播途径及HCV病毒载量的相关性,以便了解本地区丙肝临床HCV分子流行病学变化趋势及对临床预后的影响。研究方法收集2012-2013年在广州市第八人民医院就诊的207例HCV RAN阳性的丙型肝炎患者血清,分别提取病毒RNA,反转录生成cDNA。对其HCV C区和NS5B区基因序列进行RT-NPCR扩增,两区扩增成功的PCR产物进行基因测序,测序结果分别与相应的参照株序列比对,构建系统进化树,两区基因分型结果一致者确定HCV基因亚型,分析广州地区HCV基因型特点及传播途径。并采用SPSS13.0统计软件分析性别、年龄、HCV病毒载量与基因型的相关性。研究结果1.179例结果纳入分析207例标本分别进行HCV C区及NS5B区巢式PCR扩增,产物分别为401bp,375bp,目的条带清晰且单一,无非特异性杂带。有185例HCV C区和NS5B区都扩增成功,其中179例两区基因分型结果一致。2. HCV基因型特点1)179例HCV基因特点共检出1型、2型、3型、6型四种基因型和八种基因亚型,以1b和6a为主。各亚型所占比例为:1b型40.78﹪(73/179),6a型27.37﹪(49/179),3b型11.73﹪(21/179),3a型8.94﹪(16/179),2a型6.15﹪(11/179),1a型3.91﹪(7/179),2b型0.56﹪(1/179),6n型0.56﹪(1/179)。未发现新的6型变异株。2)1b和6a型系统进化树特点1b株主要分为在A、B、C三簇,A簇与中国广泛流行1b株同源性高、B簇与中国中部及南部地区流行1b株同源性高;6a型株分为Ⅰ、Ⅱ两大簇,与广东地区献血人群及静脉吸毒人群中HCV6a型感染株同源性高。3.流行病学特点:1)传播途径患者主要通过静脉吸毒、输血和血制品感染HCV。静脉吸毒感染者中主要以6a型为主,占57.45%(27/47),其次为3a型,占21.28%(10/47);通过输血和血制品感染者中主要以1b型为主,占78.95%(30/38)。2)性别6组基因亚型间患者的性别比例有明显统计学差异(P=0.002)。3)年龄6组基因亚型间患者年龄分布有统计学差异(P=0.007),2a型患者平均年龄最大(53.45±11.02岁),与其他组相比,均有统计学差异(均为P<0.05),而其他组两两比较均无统计学差异。4)病毒载量6组基因亚型间患者的病毒载量有统计学差异(P=0.000),1b型患者病毒载量平均水平最高(6.51±0.90log10IU/ml),与其他组相比,均有统计学差异(均为P<0.05),而其他组两两比较均无统计学差异。5)合并HIV感染患者特点179例患者中,有30例患者合并HIV感染,其中以6a型患者最多,达51.51%(17/33)。采用独立样本的t检验,比较单纯HCV与合并HIV感染者的HCV载量均值,结果显示,两组间无统计学差异(P=0.691)。结论:1.广州地区丙型肝炎患者HCV基因型存在多种亚型;以1b、6a、3型为主,1b型株包含中国大部分地区的1b型株,6a、3型已取代2a型分别成为第二、三主要流行基因型;未发现其他文献报道的或未曾发现的6型变异株。2.丙型肝炎患者性别比例、年龄、病毒载量在基因亚型上均有统计学差异,其中2a型平均年龄水平最高。1b型病毒载量最高,这与1b型比其他基因型有更强的致病性等报道是相符的。输血及血制品传播中以lb型为主,静脉吸毒传播中以6a型为主。3. HCV/HIV共感染者以6a型占主要,其病毒载量与单纯HCV感染者相比无统计学差异。

二、丙型肝炎病毒基因NS_5区酶切分型研究(论文开题报告)

(1)论文研究背景及目的

此处内容要求:

首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。

写法范例:

本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。

(2)本文研究方法

调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。

观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。

实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。

文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。

实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。

定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。

定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。

跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。

功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。

模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。

三、丙型肝炎病毒基因NS_5区酶切分型研究(论文提纲范文)

(1)人持续性G病毒二型在中国人群中的检出及其感染性克隆初步探索(论文提纲范文)

摘要
ABSTRACT
第一章 前言
    1.1 黄病毒科病毒
    1.2 GBV-C病毒(HPgV)简介
    1.3 HPgV-2病毒简介
    1.4 Pegivirus病毒的培养体系探索
    1.5 本研究的目的与意义
第二章 HPgV-2在国内人群中的发现
    2.1 材料与方法
    2.2 技术路线
    2.3 结果
    2.4 讨论
    2.5 本章小结
第三章 HPgV-2感染人的致病性及细胞嗜性
    3.1 材料方法
    3.2 技术路线
    3.3 结果
    3.4 讨论
    3.5 本章小结
第四章 HPgV-2感染性克隆探索
    4.1 材料与方法
    4.2 技术路线
    4.3 结果
    4.4 讨论
    4.5 本章小结
第五章 全文总结
    5.1 全文总结
    5.2 本研究的不足之处
    5.3 下一步工作计划
参考文献
缩略词汇总表
成果
致谢

(2)四川省丙型肝炎病毒的感染现状和基因型分布的特征(论文提纲范文)

摘要
abstract
第一章 绪论
    1.1 HCV病毒
    1.2 HCV基因分型以及病毒载量对于HCV治疗的影响
    1.3 HCV的传输模式
    1.4 HCV基因型在世界范围内感染的情况
    1.5 临床上HCV的诊断
    1.6 临床上HCV的治疗
    1.7 小结
第二章 资料与方法
    2.1 研究对象
    2.2 实验室检测
        2.2.1 HCV抗体检测
        2.2.2 高精度HCV RNA定量检测方法
        2.2.3 HCV基因分型检测方法
    2.3 数据分析
第三章 实验结果
    3.1 HCV感染患者基本特征
        3.1.1 2014-2018 年间进行HCV-RNA检测的就诊者的基本特征
        3.1.2 2014-2018年中HCV阳性患者整体的基本特征
    3.2 HCV阳性感染患者基因分型的分布特征
        3.2.1 在2016-2018年期间四川省HCV阳性患者的基因分型情况
        3.2.2 1b基因亚型患者的性别以及年龄分布情况
        3.2.3 小结
第四章 全文总结与展望
    4.1 结果分析
        4.1.1 高精度HCV-RNA定量检测结果分析
        4.1.2 HCV基因分型检测结果分析
    4.2 讨论研究的局限性以及未来展望
    4.3 结论和建议
致谢
参考文献
攻读硕士学位期间取得的成果

(3)HCV和HBV的特异性T细胞免疫反应和分子机制研究(论文提纲范文)

中文摘要 ABSTRACT 第一部分 研究内容
第一章 聚集性献血导致的HCV感染的T细胞免疫研究
    1.1 前言
    1.2 实验材料
    
1.2.1 主要实验仪器
    
1.2.2 主要实验试剂
    1.3 实验方法
    
1.3.1 研究对象
    
1.3.2 血样的采集与处理
    
1.3.3 抗HCV抗体的定性检测
    
1.3.4 临床信息的获得
    
1.3.5 HCV基因分型
    
1.3.6 HCV RNA足量
    
1.3.7 HCV多肽库的设计与合成
    
1.3.8 HCV特异性T细胞的刺激及流式分析
    
1.3.9 统计分析
    1.4 实验结果
    
1.4.1 研究对象的人口学特征
    
1.4.2 研究对象的临床特征
    
1.4.3 HCV慢性感染者的病毒特征
    
1.4.4 HCV病毒清除组与HCV慢性感染组有持续的CD8~+T细胞及CD4~+T细胞应答
    
1.4.5 多因子分泌
    
1.4.6 HCV特异性T细胞的表型特征
    
1.4.7 免疫抑制分子的表达特点
    
1.4.8 T细胞免疫与肝功能
    1.5 小结与讨论
第二章 聚集性献血感染HCV的分子生物学研究
    2.1 前言
    2.2 实验材料
    
2.2.1 主要实验仪器
    
2.2.2 主要的试剂及耗材
    2.3 实验方法
    
2.3.1 HCV RNA提取
    
2.3.2 RNA反转录
    
2.3.3 全序列引物设计及测序
    
2.3.4 序列组装及分析
    
2.3.5 二代测序
    2.4 实验结果
    
2.4.1 HCV病毒基因组的各片段反转录PCR结果
    
2.4.2 HCV病毒5'/3' RACE扩增结果
    
2.4.3 全基因序列拼接
    
2.4.4 序列同源性分析及进化分析
    
2.4.5 二代测序
    2.5 小结与讨论
第三章 盐桥在HBV特异性多肽呈递和T细胞识别中的作用机制研究
    3.1 前言
    3.2 实验材料
    
3.2.1 实验主要仪器
    
3.2.2 主要实验耗材及商品试剂
    
3.2.3 实验试剂及其配方
    
3.2.4 实验动物、菌株、载体
    3.3 实验方法
    
3.3.1 实验所用的多肽合成和载体构建
    
3.3.2 H-2K~d-HBV多肽免疫小鼠及脾细胞的获得
    
3.3.3 ELISPOT实验
    
3.3.4 H-2K~d和HLA-B~*4001分子的表达与纯化
    
3.3.5 HLA-B*4001-peptide(GETALALLLL)的结晶条件的筛选
    
3.3.6 HLA-B*4001 Χ-射线衍射及结构解析
    
3.3.7 圆二色谱实验检测H-2K~d-HBVpeptide的热稳定性
    
3.3.8 H-2K~d-HBV peptide四聚体的制备及流式染色
    3.4 实验结果
    
3.4.1 H-2K~d分子和HLA-B~*4001-分子的蛋白纯化
    
3.4.2 探究H-2K~d/HLA-B~*4001野生型/突变体与多肽的结合能力
    
3.4.3 探究H-2-K~d野生型及突变体结合多肽识别TCR
    
3.4.4 H-2K~d和HLA-B~*4001形成的两种不同的盐桥
    
3.4.5 盐桥对MHCI和结合肽的结构构象的影响
    
3.4.6 潜在盐桥广泛存在不同脊椎动物中
    3.5 讨论 第二部分 文献综述
第四章 HCV病毒及细胞免疫概述
    4.1 HCV病毒的流行病学及临床
    
4.1.1 HCV的流行
    
4.1.2 HCV的临床表现
    
4.1.3 HCV病毒的检测和实验室诊断
    
4.1.4 HCV的防控及治疗
    4.2 HCV病毒的基本特征
    
4.2.1 HCV病毒的形态特征
    
4.2.2 HCV病毒的基因组成及全基因组测序
    
4.2.3 HCV病毒的生活周期
    
4.2.4 HCV病毒的传播及变异
    4.3 HCV病毒感染的免疫反应特征
    
4.3.1 血清学反应
    
4.3.2 T细胞免疫
第五章 MHC分子结构免疫学概述
    5.1 MHC的概念
    5.2 MHC的抗原呈递及T细胞识别
    
5.2.1 MHCⅠ类途径
    
5.2.2 MHCⅡ类途径
    
5.2.3 外源抗原的MHCⅠ类途径交叉呈递
    5.3 MHC及相关分子的结构特征
    
5.3.1 MHCⅠ类分子的结构特征
    
5.3.2 MHCⅡ类分子的结构
    
5.3.3 非经典的MHCⅠ类分子结构
    5.4 MHC分子结构在T细胞免疫研究中的应用
    
5.4.1 MHC结构研究对于MHC分子分类的影响-HLA超级型及其意义
    
5.4.2 MHC分子对TCR识别的限制性
    
5.4.3 MHC交叉呈递和TCR交叉识别的结构基础 全文总结 参考文献 附录1 缩略表 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文 致谢

(5)海南省HCV分子分型、分子进化及黎族HCV基因型6特殊病毒株的全基因组研究(论文提纲范文)

摘要 ABSTRACT 前言 第一章
    海南省HCV流行现状 1
    引言 2
    材料与方法 3
    结果 4
    讨论 第二章
    海南黎族HCV基因型6特殊病毒株的全基因组研究 1
    引言 2
    材料与方法 3
    结果 4
    讨论 全文总结 参考文献 主要英文缩略对照表 附录 致谢 攻读博士期间成果

(6)用于制备HCV抗原抗体一体化检测试剂盒相关试剂的研究(论文提纲范文)

摘要
Abstract
英文缩写词表
第1章 绪论
    1.1 引言
    1.2 HCV的基因组结构与生物学特性
    1.3 丙型肝炎的诊断方法
        1.3.1 血清HCV抗体检测
        1.3.2 血清HCV核心抗原检测
        1.3.3 HCV RNA检测
        1.3.4 其他检测方法
    1.4 HCV传播途径
        1.4.1 血液、血制品传播
        1.4.2 经性传播
        1.4.3 母婴传播
    1.5 丙型肝炎病毒抗原抗体一体化检测试剂盒的国内外研究现状
    1.6 丙型肝炎病毒抗原抗体一体化检测试剂盒的研究意义
    1.7 技术路线
        1.7.1 用于检测针对丙型肝炎病毒抗体的融合蛋白抗原的表达及纯化
        1.7.2 携带丙型肝炎病毒核心不同抗原表位蛋白的表达及纯化
        1.7.3 针对人IgG Fc段单克隆抗体的制备
        1.7.4 针对丙型肝炎病毒核心HCV C101-115抗原表位小肽单克隆抗体的制备
第2章 用于检测针对丙型肝炎病毒抗体的融合蛋白抗原的表达及纯化
    2.1 实验材料
        2.1.1 菌株及质粒载体
        2.1.2 材料及试剂
        2.1.3 试剂配制
        2.1.4 主要仪器设备
    2.2 实验方法
        2.2.1 HCV core-NS3-5基因的克隆
        2.2.2 大肠杆菌DH5α感受态细胞的制备
        2.2.3 连接产物转化E. coli DH5α感受态细胞
        2.2.4 pGEMT/HCV core-NS3-5阳性克隆质粒的获得和鉴定
        2.2.5 携带6His-HCV core-NS3-5融合蛋白原核表达载体的构建
        2.2.6 6His-HCV core-NS3-5融合蛋白的原核表达与纯化
        2.2.7 6His-HCV core-NS3-5融合蛋白的Western Blot检测
    2.3 实验结果
        2.3.1 HCV core-NS3-5基因的克隆
        2.3.2 携带6His-HCV core-NS3-5融合蛋白原核表达载体的构建
        2.3.3 6His-HCV core-NS3-5融合蛋白的原核表达与纯化
        2.3.4 6His-HCV core-NS3-5融合蛋白的Western Blot检测
    2.4 讨论
第3章 携带丙型肝炎病毒核心抗原表位HCV C8-22及HCV C101-115的融合蛋白的表达与纯化
    3.1 实验材料
        3.1.1 菌株及质粒载体
        3.1.2 材料及试剂
        3.1.3 试剂配制
        3.1.4 主要仪器设备
    3.2 实验方法
        3.2.1 HCV C8-22小肽的获得
        3.2.2 HBc-HCV C8-22融合蛋白原核表达载体的构建
        3.2.3 HBc-HCV C8-22融合蛋白的诱导表达与纯化
        3.2.4 Grn E-HCV C8-22融合蛋白原核表达载体的构建
        3.2.5 Grn E-HCV C8-22融合蛋白的诱导表达与纯化
        3.2.6 Western Blot检测原核表达的HCV C8-22融合蛋白
        3.2.7 携带HCV C8-22小肽真核表达载体的构建
        3.2.8 HCV C101-115小肽的获得
        3.2.9 HBc-HCV C101-115融合蛋白原核表达载体的构建
        3.2.10 HBc-HCV C101-115融合蛋白的诱导表达与纯化
        3.2.11 Grn E-HCV C101-115融合蛋白原核表达载体的构建
        3.2.12 Gm E-HCV C101-115融合蛋白的诱导表达与纯化
        3.2.13 Western Blot检测原核表达的HCV C101-115融合蛋白
        3.2.14 携带HCV C101-115小肽真核表达载体的构建
        3.2.15 HCV C8-160基因的克隆
        3.2.16 GST-HCV C8-160融合蛋白原核表达载体的构建及其表达纯化
    3.3 实验结果
        3.3.1 HBc-HCV C8-22融合蛋白原核表达载体的构建
        3.3.2 HBc-HCV C8-22融合蛋白的原核表达及纯化
        3.3.3 Gm E-HCV C8-22融合蛋白原核表达载体的构建
        3.3.4 Gm E-HCV C8-22融合蛋白的原核表达及纯化
        3.3.5 Western Blot检测原核表达的HCV C8-22融合蛋白
        3.3.6 携带HCV C8-22小肽真核表达载体的构建及表达
        3.3.7 HBc-HCV C101-115融合蛋白原核表达载体的构建
        3.3.8 HBc-HCV C101-115融合蛋白的原核表达及纯化
        3.3.9 Gm E-HCV C101-115融合蛋白原核表达载体的构建
        3.3.10 Gm E-HCV C101-115融合蛋白的原核表达及纯化
        3.3.11 Western Blot检测原核表达的HCV C101-115融合蛋白
        3.3.12 携带HCV C101-115小肽真核表达载体的构建及表达
        3.3.13 HCV C8-160基因的克隆
        3.3.14 GST-HCV C8-160融合蛋白原核表达载体的构建及其表达纯化
    3.4 讨论
第4章 针对人IgG Fc段以及丙型肝炎病毒核心抗原不同表位单克隆抗体的制备
    4.1 实验材料
        4.1.1 细胞系
        4.1.2 材料及试剂
        4.1.3 试剂配制
        4.1.4 主要仪器设备
    4.2 实验方法
        4.2.1 抗人IgG单克隆抗体的制备
        4.2.2 抗人IgG单克隆抗体可特异性结合Fc段的鉴定
        4.2.3 抗人IgG单克隆抗体的亚类测定和纯化
        4.2.4 抗HCV C101-115单克隆抗体的制备
        4.2.5 抗HCV C101-115单克隆抗体的鉴定
        4.2.6 抗HCV C101-115单克隆抗体的亚类测定和纯化
    4.3 实验结果
        4.3.1 制备抗人IgG单克隆抗体免疫鼠血清效价测定
        4.3.2 抗人IgG单克隆抗体可特异性结合Fc段的鉴定
        4.3.3 抗人IgG单克隆抗体的亚类测定和纯化
        4.3.4 制备抗HCV C101-115单克隆抗体免疫鼠血清效价测定
        4.3.5 抗HCV C101-115单克隆抗体特异性的鉴定
        4.3.6 抗HCV C101-115单克隆抗体亚类测定和纯化
    4.4 讨论
第5章 结论
参考文献
附录
致谢
攻读硕士学位期间获奖情况

(7)庚型肝炎病毒与HIV、HCV相互作蛋白的筛选及E2与LTα蛋白互作验证(论文提纲范文)

摘要
ABSTRACT
缩略表
第一章 绪论
    1.1 庚型肝炎病毒
    1.2 庚型肝炎病毒的分子生物学
        1.2.1 庚型肝炎病毒结构
        1.2.2 庚型肝炎病毒基因结构
    1.3 人类免疫缺陷病毒的分子生物学
        1.3.1 人类免疫缺陷病毒的结构
    1.4 丙型肝炎病毒的分子生物学
        1.4.1 丙型肝炎病毒的结构
    1.5 GBV-C、HIV与HCV的传播
        1.5.1 GBV-C、HIV与HCV的传播途径
        1.5.2 GBV-C、HIV与HCV的血液传播
        1.5.3 GBV-C、HIV与HCV的性传播
        1.5.4 GBV-C、HIV与HCV的母婴传播
    1.6 GBV-C研究意义
        1.6.1 GBV-C研究现状
        1.6.2 GBV-C对HIV-1相互作用机制研究现状
        1.6.3 GBV-C对HCV的临床意义
    1.7 蛋白质相互作用研究方法
        1.7.1 验证蛋白质之间相互作用实验的方法
        1.7.2 数据库比对以及计算机分析预测蛋白质的相互作用
    1.8 本研究的主要目的
    1.9 技术路线图
第二章 HIV-1、HCV (J6/JFH-1-6u)及GBV-C-7文库质粒的构建
    2.1 实验材料
        2.1.1 菌株和毒株
        2.1.2 主要设备
        2.1.3 主要试剂
        2.1.4 培养基及其他缓冲液的配制
        2.1.5 引物设计
    2.2 实验方法
        2.2.1 血清中HIV病毒总RNA提取
        2.2.2 目的片段的克隆
        2.2.3 目的基因与载体的双酶切
        2.2.4 目的片段与载体连接
        2.2.5 目的片段的连接与转化
        2.2.6 重组质粒的提取及双酶切验证
    2.3 实验结果
        2.3.1 重组质粒的双酶切验证及测序结果
    2.4 讨论
        2.4.1 构建文库所用毒株选择
        2.4.2 文库片段划分
        2.4.3 酵母双杂交文库构建方法选择
        2.4.4 展望
    2.5 小结
第三章 酵母双杂交筛选与GBV-C诱饵相互作用的HIV-1、HCV及GBV-C 蛋白
    3.1 试剂与材料
        3.1.1 菌株及载体
        3.1.2 主要试剂
        3.1.3 主要试剂的配制
    3.2 实验方法
        3.2.1 酵母的复苏及感受态的制备
        3.2.2 质粒转化酵母感受态细胞、自激活及毒性检测
        3.2.3 诱饵质粒与HIV、HCV及GBV-C文库的杂交实验
    3.3 实验结果
        3.3.1 文库质粒的自激活毒性检测
        3.3.2 相互作用蛋白的筛选
    3.4 讨论
        3.4.1 酵母双杂交体系选择
        3.4.2 文库质粒自激活及毒性验证
        3.4.3 阳性对照与阴性对照的设置
        3.4.4 假阴性与假阳性的排除
        3.4.5 酵母转化方法选择
        3.4.6 互作蛋白分析
        3.4.7 展望
    3.5 本章小结
第四章 GBV-C包膜糖蛋白E2与肿瘤坏死因子LTα相互作用验证以及E2对LTα mRNA量化关系研究
    4.1 材料与试剂
        4.1.1 载体与细胞
        4.1.2 主要试剂
        4.1.3 主要仪器设备
    4.2 实验方法
        4.2.1 缓冲液的配制
        4.2.2 动物细胞表达质粒的构建
        4.2.3 动物细胞内蛋白质相互作用的验证
        4.2.4 GBV-C E2对LTαmRNA量化关系研究
    4.3 实验结果
        4.3.1 重组质粒双酶切验证
        4.3.2 蛋白定量结果
        4.3.3 转染效率的优化
        4.3.4 免疫共沉淀结果
        4.3.5 激光共聚焦实验结果
        4.3.6 细胞内总RNA提取结果
        4.3.7 Jurkat细胞内LTα基因的PCR检测以及定量引物检测
        4.3.8 相对定量结果
        4.3.9 GBV-C E2对Jurkat细胞中LTα mRNA表达量的影响
    4.4 讨论
        4.4.1 实验细胞的选择
        4.4.2 蛋白定量的方法选择
        4.4.3 转染的方法选择
        4.4.4 免疫共沉淀抗体的选择以及抗体轻重链的去除
        4.4.5 定量方法选择
        4.4.6 定量实验结果分析
        4.4.7 展望
    4.5 本章小结
第五章 总结
致谢
参考文献
附录 A 攻读硕士期间发表论文目录

(9)云南省静脉注射吸毒人群中HCV感染的分子流行病学研究(论文提纲范文)

摘要 Abstract 1. 引言
1.1 HCV的基因组结构及编码产物
    1.1.1 HCV的基因组结构
    1.1.2 病毒蛋白的结构与功能
1.2 HCV的传播途径
    1.2.1 血液传播
    1.2.2 性传播
    1.2.3 垂直传播
1.3 HCV基因分型
    1.3.1 HCV的基因分型系统
    1.3.2 全球HCV的流行与进化
    1.3.3 我国静脉注射吸毒人群中HCV的流行与进化
    1.3.4 HCV基因分型的意义
    1.3.5 HCV基因分型的方法 2. 研究目的及意义 3. 材料和方法
3.1 血清样品
3.2 主要试剂及材料
3.3 主要仪器设备
3.4 软件
3.5 引物设计及主要参考序列 4. 实验方法
4.1 病毒基因组RNA的提取
4.2 逆转录反应获取HCV cDNA
4.3 分型区段的选择及PCR反应条件摸索
4.4 PCR扩增HCV C/E1区的部分序列
4.5 琼脂糖凝胶电泳
4.6 PCR产物的纯化
4.7 受体菌DH5a的感受态制备
4.8 纯化产物于PMD19-T载体的连接
4.9 转化感受态细胞DH5a
4.10 阳性重组质粒的提取及鉴定
4.11 数据分析 5. 实验结果
5.1 HCV分型扩增区段地选择及PCR条件优化
5.2 阳性样本中HCV RNA的PCR检测
5.3 HCV C/E1区段的PCR扩增
5.4 PCR产物胶回收、测序用重组载体PMD19-T的构建与鉴定
5.5 HCV阳性样本中HCVC/E1区段测序结果
5.6 云南省静脉吸毒人群中HCV的基因型分布
5.7 云南省静脉吸毒人群HCV感染亚型的性别及年龄分布
5.8 云南省静脉吸毒人群中HCV的基因型分布状况与其他地区分布状况的对比
5.9 云南省静脉吸毒人群中现有HCV的基因型分布状况与早期研究的对比 6. 讨论 7. 小结 参考文献 附录一 HCV阳性样品测序序列 附录二 主要缩略词表 附录三 主要溶液配制方法 致谢 研究生简历 攻读硕士期间发表论文的情况

(10)广州地区丙型肝炎患者的HCV基因型相关研究(论文提纲范文)

中文摘要
Abstract
中英文对照表
前言
第一部分 临床切实可行的两种基因分型法(部分基因测序法与探针杂交法)的准确性比较
    材料
    方法
    结果
    讨论
    结论
第二部份 广州地区丙型肝炎患者的 HCV 分子流行病研究
    材料
    方法
    结果
    讨论
    结论
参考文献
综述
    参考文献
攻读硕士学位期间参与撰写的文章
致谢

四、丙型肝炎病毒基因NS_5区酶切分型研究(论文参考文献)

  • [1]人持续性G病毒二型在中国人群中的检出及其感染性克隆初步探索[D]. 万政伟. 南方医科大学, 2021(02)
  • [2]四川省丙型肝炎病毒的感染现状和基因型分布的特征[D]. 张超. 电子科技大学, 2020(01)
  • [3]HCV和HBV的特异性T细胞免疫反应和分子机制研究[D]. 纪伟. 中国疾病预防控制中心, 2019(12)
  • [4]丙型肝炎病毒基因分型的研究进展[A]. 林元龙,王福祥. 第九届全国疑难及重症肝病大会论文集, 2017
  • [5]海南省HCV分子分型、分子进化及黎族HCV基因型6特殊病毒株的全基因组研究[D]. 吴涛. 南方医科大学, 2017(11)
  • [6]用于制备HCV抗原抗体一体化检测试剂盒相关试剂的研究[D]. 刘亚妮. 陕西师范大学, 2016(04)
  • [7]庚型肝炎病毒与HIV、HCV相互作蛋白的筛选及E2与LTα蛋白互作验证[D]. 杨晓钰. 昆明理工大学, 2016(01)
  • [8]兰州地区HCV疑似2i/2a基因重组变异病例与干扰素α应答关系的探讨[J]. 张文杰,杜绍财,杨建军,屈延,毛维武,李静,李朝霞,田淑菊,龚晏萱,饶慧瑛,孔玮晶. 中华肝脏病杂志, 2014(07)
  • [9]云南省静脉注射吸毒人群中HCV感染的分子流行病学研究[D]. 张智辉. 北京协和医学院, 2014(01)
  • [10]广州地区丙型肝炎患者的HCV基因型相关研究[D]. 肖桂娥. 广州医科大学, 2014(03)

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丙型肝炎病毒基因NS_5区酶解与分型研究
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